Выполнить Codeigniter PHP из сценария TCL

Попробуйте использовать это:

eval "exec php -q /path/to/your/codeigniter/index.php yourController yourMethod"

Может быть, вам нужно внести некоторые изменения в ваш index.php, чтобы выполнить его …
Я предлагаю вам создать конкретный файл для cls … Сделайте копию вашего index.php и поместите его в начало файла:

/* we don't need to be limited by...normal limitations */
set_time_limit(0);
ini_set('memory_limit', '256M');

/* make sure this isn't being called by a web browser */
if (isset($_SERVER['REMOTE_ADDR'])) die('Permission denied.');

/* set some constants */
define('CMD', 1);

/* manually set the URI path based on command line arguments... */
unset($argv[0]); /* ...but not the first one */
$_SERVER['QUERY_STRING'] =  $_SERVER['PATH_INFO'] = $_SERVER['REQUEST_URI'] = '/' . implode('/', $argv) . '/';

И вызвать этот файл вместо index.php …

И не знаю, будет ли это работать … Но это может быть вашей отправной точкой ….