file_put_contents($file, array_values($delivery[0]), FILE_APPEND);
Это печатает, чтобы сохранить все значения в одной строке. Как напечатать все значения своей строкой?
Вам необходимо внедрить значения в строку, разделенную (в вашем случае) новой строкой.
file_put_contents(
$file,
implode("\n", array_values($delivery[0])),
FILE_APPEND
);
Других решений пока нет …