shell — запуск php скрипта через командную строку дает ошибки

Я пытаюсь запустить скрипт PHP через SSH, делая это:

 /usr/bin/php "/path/to/the/script.php"

Но это дает ошибки, которые не произойдут при запуске скрипта из веб-браузера.
Например, если у меня есть:

<?
include("functions.php");
SetCookie("mycookie",1);
?>

Он скажет, что не может установить cookie, потому что заголовки уже отправлены functions.php в строке 100, которая является последней строкой. Также он отображает содержимое скрипта перед отображением ошибок (не знаю, нормально ли это).

Так почему я не получаю то же самое с командной строкой и apache?
Спасибо