Получение & quot; Ошибка: слишком много позиционных аргументов (1), ошибочное значение: qseqid & quot; при использовании blast + Stack Overflow

Я использую скрипт php, и мне нужно использовать blastp для восстановления некоторых данных. Это прекрасно работает, когда я запускаю его в командной строке.

blastp -query test_query.fa -db notas.fa -task blastp -outfmt "7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore" -out musica1.fa

Но это не работает в моем сценарии.
Это мой сценарий:

$blastp = "C:/wamp/www/SiMiLa/blastp.exe";
$texto = "'7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore'";
$cmd = $blastp." -query test_query.fa -db notas.fa -task blastp -outfmt '$texto' -out musica1.fa  2>&1";
$result = shell_exec($cmd);
print_r ($result);

Когда я запускаю его, я получаю следующую ошибку:

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ blastp [-h] [-help] [-import_search_strategy filename] [-export_search_strategy filename] [-task имя_задачи] [-db
имя_базы_данных] [-dbsize num_letters] [-gilist имя_файла] [-seqidlist
имя файла] [-negative_gilist имя файла] [-entrez_query entrez_query] [-db_soft_mask filtering_algorithm] [-db_hard_mask
filtering_algorithm] [-subject subject_input_file] [-subject_loc
range] [-query input_file] [-out output_file] [-evalue evalue] [-word_size int_value] [-gapopen open_penalty] [-gapextend
extension_penalty] [-qcov_hsp_perc float_value] [-max_hsps int_value] [-xdrop_ungap float_value] [-xdrop_gap float_value] [-xdrop_gap_final
float_value] [-searchsp int_value] [-sum_stats bool_value] [-seg
SEG_options] [-soft_masking soft_masking] [-matrix matrix_name] [-threshold float_value] [-culling_limit int_value] [-best_hit_overhang float_value] [-best_hit_score_edge float_value] [-window_size int_value] [-lcase_masking] [-query_loc range] [-parse_deflines] [-outfmt format] [-show_gis] [-num_description
int_value] [-num_alignments int_value] [-line_length line_length] [-html] [-max_target_seqs num_sequence] [-num_threads int_value] [-ungapped] [-remote] [-comp_based_stats compo] [-use_sw_tback] [-version] ОПИСАНИЕ Protein-Protein BLAST 2.2.31+ Используйте ‘-help’ для
вывести подробные описания аргументов командной строки
================================================== ====================== Ошибка: слишком много позиционных аргументов (1), ошибочное значение: qseqid

Кто-нибудь может мне помочь?

1

Решение

Я решил это, изменив мой сценарий на:

$blastp = "C:/wamp/www/SiMiLa/blastp.exe";
$texto = "7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore";
$cmd = $blastp." -query test_query.fa -db notas.fa -task blastp -outfmt \"7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore\" -out musica1.fa  2>&1";
$result = shell_exec($cmd);
print_r ($result);
0

Другие решения

Других решений пока нет …

По вопросам рекламы [email protected]