Перезаписать зависимости, установленные композитором

Недавно я унаследовал сборку проекта на конкретной фреймворк PHP, Asgard. Сама структура менее важна.

Код хранится на GitHub и содержит файлы фреймворка, некоторые из них модифицированы, а также несколько зависимостей. После установки нужно запустить composer install, который принесет остальные зависимости.

Большая часть пользовательского кода находится в двух папках, расположенных в public_html/modules И в framework/Modulesсоответственно. Тем не менее, есть некоторые каркасные файлы, которые были изменены.

Процедура управления / установки кода кажется мне нелогичной, и я бы предпочел, чтобы весь код платформы (указанная версия) был composer и только несколько файлов будут применены сверху, как патч.

Есть ли какой-то рабочий процесс разработки, который позволил бы мне отправить на GitHub только изменения, а не все файлы инфраструктуры, а затем каким-то образом применить патч к коду инфраструктуры, когда composer install работает?

Я знаю, что композитор настроен через composer.json а также composer.lockЯ просто не знаю, как сделать патч.

Кроме того, я не знаю, как передать только изменения в Git, не включая исходные файлы инфраструктуры, сохраняя при этом полную функциональность в моей рабочей папке.

Любая идея будет оценена.

Благодарю.