Передача значений в пакетный файл Windows через переполнение стека

Я пытаюсь заставить командный файл работать с командами, которые я передаю. По соображениям безопасности мы выполняем наши вызовы командной строки через WScript.Shell

Вот как выглядит мой командный файл:

@echo off
pushd \\theServer\wwwroot\tuition\uploads\
pdftk PDF_Template.pdf fill_form %1 output %2 need_appearances
popd

Затем я передаю переменные в файл bat следующим образом:

$WshShell = new COM("WScript.Shell");
$WshShell->exec(getcwd().'\uploads\test.bat 1412194760.fdf output.pdf');

Когда я запускаю файл bat с сервера, все работает нормально. Однако, не получая никаких результатов, когда он запускается с php.

Этот пример отлично работал, когда у меня были полные пути, от которых я сейчас пытаюсь избавиться, используя приведенный выше код.

$WshShell->exec('"pdftk" C:\\inetpub\\wwwroot\\tuition\\uploads\\Educational_Assistance_Request_Form_North_America.pdf fill_form C:\\inetpub\\wwwroot\\tuition\\uploads\\'.$fdf_file.' output C:\\inetpub\\wwwroot\\tuition\\uploads\\'.$newPDF.' need_appearances');

Вы видите что-нибудь очевидное, что я делаю неправильно?

Обновить:

В качестве теста я жестко запрограммировал значения в командный файл:

pdftk Educational_Assistance_Request_Form_North_America.pdf fill_form 1412194760.fdf output output.pdf need_appearances

Затем я попытался запустить файл с обоими run а также execute

$WshShell->run(getcwd().'\uploads\test.bat');
$WshShell->exec(getcwd().'\uploads\test.bat');

Этот тест также не прошел.

Может быть, это ошибка разрешения для оболочки, запускающей командный файл?

FIX:
Так что, хотя я выполнял команду exec в этом месте:

getcwd().'\uploads\test.bat

Когда я вошел в систему, он работал только в cwd и проигнорировал папку загрузок.

Я изменил командный файл на это, и теперь он работает нормально:

pdftk uploads/Educational_Assistance_Request_Form_North_America.pdf fill_form uploads/%1 output uploads/%2 need_appearances