Я создал новую категорию, но когда я хочу создать новости и назначить для определенной категории, новая категория не входит в список доступных категорий.
Похоже, вы используете системные категории в форме, но создаете категории новостей. При создании новой категории ищите тип записи второй категории в разделе «Системные записи». Вероятно, вам также следует начать с поиска системной папки, которая содержит правильный тип категорий (если я правильно помню, при переносе категорий новые категории помещаются в ту же папку sysfolder, что и старые).
Затем вы можете захотеть очистить старые записи категории «Новости» — при условии, что вы выполнили все необходимые команды миграции, эти таблицы больше не будут использоваться.
Других решений пока нет …