Низкий уровень покрытия кода

Я создал довольно сложный набор кода для проекта с Codeception
около 300 тестов, около 3000 утверждений. Теперь я хотел бы увидеть мой код покрытия.

Я выполнил следующую строку согласно инструкции:
./vendor/bin/codecept run --coverage --coverage-html

Я получил очень низкий балл (1%). Что практически невозможно, учитывая, что все созданные мной утверждения действительно идут в назначенное место в коде, когда покрытие кода утверждает иное.

мой файл codeception.yml выглядит так:

actor: Tester
paths:
tests: tests
log: tests/_output
data: tests/_data
support: tests/_support
envs: tests/_envs
settings:
bootstrap: _bootstrap.php
colors: true
memory_limit: 1024M
extensions:
enabled:
- Codeception\Extension\RunFailed
modules:
config:
\Helper\DbWithMigration:
dsn: 'mysql:host=localhost;dbname=travis_test'
user: 'travis'
password: ''
dump: tests/_data/dump.sql
coverage:
enabled: true
include:
- src/*
- console/*

У меня есть тесты для следующего: юнит, приемка, консоль и API.
Все они становятся зелеными. Я не уверен, где я ошибся

ОБНОВИТЬ

Вот мой api.suite.yml:

class_name: ApiTester
modules:
enabled:
- \Helper\Api
- REST:
depends: Silex
- Silex:
app: 'tests/_app/bootstrap.php'
- \Helper\DbWithMigration:
cleanup: true
- Asserts

и accept.suit.yml:

class_name: AcceptanceTester
modules:
enabled:
- \Helper\Acceptance
- REST:
depends: Silex
- Silex:
app: 'tests/_app/bootstrap.php'
- \Helper\DbWithMigration:
cleanup: true
- Asserts

и, как уже упоминалось, я работаю на виртуальной машине, которая имеет Ubuntu 14.04 LTS и PHP 5.6.20 с xdebug.