Неожиданное поведение после изменения пароля пользователя в MySQL

Я создаю интерфейс типа cpanel, где мои клиенты веб-хостинга могут делать простые вещи, такие как изменение своего пароля ftp, пароля электронной почты или пароля mysql. Скрипт PHP, который меняет пароль пользователя MySQL, работает отлично! Тем не менее, он перестает отказывать в доступе пользователю root mysql. Почему это происходит? Я понял, что это происходит, когда сценарий выполняет «ПРИВИЛЕГИИ ПРОБЛЕМЫ», но почему так? Я не вижу, чтобы я где-либо менял пароль пользователя root mysql!

$query = "UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD(?) WHERE User=?;";
$res = $db->prepare($query);
$res->bind_param('ss',$_POST['new_mysql_password'],$_POST['mysql_user_name']);
$res->execute();

$query = "FLUSH PRIVILEGES;";
$res = $db->prepare($query);
$res->execute();