md5_file выводит разные значения для файлов с одинаковым содержимым

У меня есть php-тест, который генерирует выходной файл и сравнивает его с образцом, сгенерированным ранее. Я делаю сравнение с помощью функции php «md5_file» с обоими файлами.
Моя проблема в том, что, хотя оба файла имеют одинаковое содержимое, функция md5 выводит разные значения (я также пробовал использовать sha1_file с одинаковыми результатами).
Кроме того, я сравнил vimdiff с обоими файлами, чтобы убедиться, что они одинаковые. Также не удается выполнить сравнение, когда я вручную копирую содержимое файла из одного файла в другой.

Моя проблема возникает на компьютере под управлением Ubuntu 12.x, и файл является общим для git.

У меня сложилось впечатление, что это может быть проблемой конца строки, но я не знаю, как быть в этом уверенным.