А что, если Ваша переменяя будет не просто строковой переменной, а массивом и т.п.? Советую Вам поступить следующим простым, но продвинутым способом:
<script> var myvar = <?php echo json_encode($myVarValue); ?>; </script>
«Продвинутость» способа также в том, что он будет работать с кодировкой UTF-8. Требуется 5.2.0 и выше.