Ситуация:
Вопросы к вам
Для PHP есть Phinx, библиотека для записи миграций в вашу базу данных.
Что касается программного обеспечения, базы данных могут иметь версии. Phinx позволяет вам писать миграцию программно через API. Каждый раз, когда вы добавляете «миграцию», он создает файл, описывающий все изменения. Затем вам придется применить миграцию с помощью интерфейса командной строки (CLI).
ВСЕГДА необходимо хранить резервные копии вашей базы данных (таблиц и данных), по крайней мере, один день. Если что-то плохое случится, когда вы вручную (или нет) измените базу данных, у вас будет резервная копия для восстановления.