linux — неожиданная ошибка синтаксического анализа PHP на RHEL

У меня есть различные файлы PHP, ни один из которых не был изменен до того, как приложение заработало и оно сломалось. Моя проблема в том, что по каким-то причинам эти файлы неожиданно выдают ошибки синтаксического анализа PHP для таких вещей, как «неожиданные» квадратные скобки в, казалось бы, случайных местах по всему файлу, но после ручной проверки файла синтаксис правильный.

Единственное, что я мог сделать, чтобы «изменить» файлы, это различные операции chmod для изменения прав доступа. Но как / почему это изменит фактическое содержимое файлов?

Файлы вызываются при загрузке так же, как и всегда, и прекрасно работали в прошлом, вплоть до недавних изменений chmod.

Это постоянно, или мне просто нужно будет восстановить свою систему с более раннего времени?

RHEL 6.5, PHP 5.4.

Редактировать:

Пример ошибки:

PHP Parse error:  syntax error, unexpected '[' in /var/ptc/CRM-dev/tools/init on line 122

Что на линии 122:

$files = [];

Другой пример:

PHP Parse error:  syntax error, unexpected '[', expecting ')' in /var/ptc/CRM-dev/vendor/react/promise/src/functions.php on line 68

Что на линии 68:

 return resolve([]);

Но сами эти файлы не были изменены (насколько я знаю), и синтаксис выглядит правильным.

phpinfo () выдает 5.4.39, то же самое, что и при запуске php -v на сервере.