Как узнать фактическую причину предупреждения PHP «Ошибка при отправке пакета QUERY»?

Вчера в моих журналах PHP появились следующие сообщения:

[10-Apr-2016 11:51:32 America/Los_Angeles] PHP Warning:  Error while sending QUERY packet. PID=31184 in /tools/stat.php on line 322
[10-Apr-2016 11:51:33 America/Los_Angeles] PHP Warning:  Error while sending QUERY packet. PID=31200 in /tools/stat.php on line 322
[10-Apr-2016 11:51:35 America/Los_Angeles] PHP Warning:  Error while sending QUERY packet. PID=31209 in /tools/stat.php on line 322
[10-Apr-2016 11:51:40 America/Los_Angeles] PHP Warning:  Error while sending QUERY packet. PID=31226 in /tools/stat.php on line 322
[10-Apr-2016 11:53:17 America/Los_Angeles] PHP Warning:  Error while sending QUERY packet. PID=32184 in /tools/stat.php on line 322
[10-Apr-2016 11:53:24 America/Los_Angeles] PHP Warning:  Error while sending QUERY packet. PID=32207 in /tools/stat.php on line 322
[10-Apr-2016 11:53:27 America/Los_Angeles] PHP Warning:  Error while sending QUERY packet. PID=32217 in /tools/stat.php on line 322
[10-Apr-2016 11:53:28 America/Los_Angeles] PHP Warning:  Error while sending QUERY packet. PID=32225 in /tools/stat.php on line 322
[10-Apr-2016 11:53:30 America/Los_Angeles] PHP Warning:  Error while sending QUERY packet. PID=32227 in /tools/stat.php on line 322
[10-Apr-2016 11:53:32 America/Los_Angeles] PHP Warning:  Error while sending QUERY packet. PID=32242 in /tools/stat.php on line 322

Сам запрос на самом деле довольно короткий, так что Ошибка при отправке пакета QUERY не помог мне.

Несколько фактов о сервере / скриптах:

• Вчера я изменился с PHP 5.4.45 в PHP 5.5.34,
• Сервер MySQL на этом компьютере: 5.1.73-1+deb6u1
• Клиент MySQL на этой машине: mysqlnd 5.0.11-dev - 20120503
• Я игнорирую все устаревшие предупреждения, чтобы они не отображались в журналах PHP.
• Я все еще отправляю MySQL запросы, используя mysql_query() (Я собираюсь изменить это в ближайшее время).

Есть ли способ узнать, что произошло за это время? Это больше не повторилось.

Есть ли у вас какие-либо идеи, что могло вызвать эту ошибку и как это проверить?

ДОПОЛНЕНИЕ для loka_bolka:

mysql_query("UPDATE
`tablename`
SET
".$query."WHERE
`user` = '".mysql_real_escape_string($user)."'
LIMIT 1
"); // This is line 322