Как изменить структуру базы данных в продаваемых веб-приложениях (PHP и MySQL) в виде патча?

Я создал веб-приложение с использованием PHP и MySQL, которое клиенты могут купить и установить на своих серверах. Он имеет скрипт установки базы данных, который устанавливает таблицы и предопределенные данные. До сих пор все ок. Но мне может потребоваться внести некоторые изменения в структуру базы данных для новых функций и версий. С другой стороны, я не имею доступа к их серверам, а также не могу попросить их применить эти изменения вручную. Поэтому мне нужно сделать это с помощью скрипта через файлы обновления.
Как я могу сделать это прозрачно, потому что мне не нравится, что клиенты знают об этом? Другие обновления будут применяться только при замене файлов на новые. Но как насчет базы данных? Также мне нужно сделать эти изменения только один раз.

Каков наилучший способ сделать это?