Я использую Tidy для получения чистого вывода, но это как-то удаляет мой <nav>
теги. Существуют ли варианты конфигурации, которые позволят избежать этого?
Базовая аккуратная библиотека ничего не знает о HTML5.
В настоящее время ведется работа над новым проектом, поддерживающим HTML5: https://github.com/htacg/tidy-html5 Это вам не поможет.
Других решений пока нет …