Поисковые системы не имеют никакого представления о ваших файлах PHP. Единственное, что имеет значение, это то, какой HTML генерируется для какого URL.
Каждый HTML-документ, который имеет
ваш meta—robots элемент
в head element¹
передает это noindex а также nofollow должен подать заявку на это. Но обратите внимание, что это может быть перезаписано заголовком HTTP X-Robots-Tag и / или дополнительным meta—robots элементы в том же документе.
¹ Если meta—robots элемент где-то еще, чем в head элемент, это недействительно, и это может не сработать.