exec — выполнить внешнюю программу BLAST в Stack Overflow
Я хочу выполнить поисковое приложение blastx на PHP вместо текстового терминала Linux.
Фактические аргументы командной строки будут (см определение определения):
./blastx -query $input -db ${Sbjct}_db -evalue 0.0001 -outfmt 6 -out /path/to/output.tsv
Вот мой частичный код PHP.
exec('
/path/to/blastx
-query /path/to/PAO1.fasta
-db /path/to/VFDB_setB_pro
-evalue 0.0001
-outfmt 6
-out /path/to/output.tsv
');
Тем не менее, когда я звоню exec() В программе PHP ничего не произошло.
Я также попробовал другой метод. Возвращает код ошибки 1. Вот мой php exec() содержание:
exec('sh /path/to/myscript.sh', $output, $return_var);
Какие жизненно важные шаги я пропустил?
Есть ли альтернативный метод для выполнения внешних программ?
Мы ценим любые предложения.
Решение
Проблемы с разрывными линиями, попробуйте
<?php
exec('\
/path/to/blastx \
-query /path/to/PAO1.fasta \
-db /path/to/VFDB_setB_pro \
-evalue 0.0001 \
outfmt 6 \
-out /path/to/output.tsv \
');
РЕДАКТИРОВАТЬ
Я показываю процесс, так как я не могу сделать отслеживание
1- Входные данные
cat seq.fa # НУКЛЕОТИДЫ
> seq_1 GGCAGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGCAGCTTGCTGCTTTGCT GACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGAT AACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAATGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGA
cat database.fa #PROTEINS
> KDG85104.1 гипотетический белок AE17_03267, частичный [Escherichia coli UCI 58] PVVIPLHQAVSQTLLTRPPLVSKAASCFLLPFDLHVLGLPPAFNLSHDQTLQFKSLMLKELNFVMNYVFTLETWYSFFVL RR > EUM99718.1 гипотетический белок L347_09473, частичный [Enterobacter sp. MGH 1] VVIPLHQAVSQTLLTRPPLVSEAASCFLLPFDLHVLGLPPAFNLSHDQTLQFKSLMLNELNFVMNYVFTR > CSD41531.1 Нехарактеризованный белок [Vibrio cholerae] MADHPLRPARDRRLGEPLPHQLANPTWAYPVAQGPKVPCFALARLCGISHRFQWLSPSTGQFPRHYSPVRRSPPKEQVPL CCRSTCMC
2- Формат базы данных
makeblastdb -in database.fa -dbtype prot -out database
3-bash скрипт
кот myscript.sh
path_to_blast/blastx -query path_to_query/seq.fa -db path_to_db/database -evalue 0.0001 -outfmt 6
4-PHP скрипт
кошка blast.php
<?php
exec('sh myscript.sh', $output, $return_var);
print_r($output);
echo "$return_var\n";
5- Запустите это,
php blast.php
ты получаешь,
массив ( [0] => seq_1 KDG85104.1 100,00 38 0 0 118 5 1 38 1e-24 77,0 [1] => seq_1 EUM99718.1 97,30 37 1 0 115 5 1 37 2e-23 73,6 [2] => seq_1 CSD41531,1 70,59 51 15 0 162 10 38 88 1e-22 72,0 ) 0
Другие решения
Других решений пока нет …
detector