база данных — ошибка с функцией exec () в переполнении стека

У меня проблемы с запуском программы из командной строки в php. Всякий раз, когда я запускаю программу в командной строке, создается соответствующий файл, и он работает отлично. Однако, когда я иду и помещаю его в свой php и использую функцию exec (), ничего не происходит.

В конце я хочу, чтобы пользователь мог выбрать параметры, которые он хочет запустить во внешней программе, но сейчас я просто пытаюсь запустить его с жестко закодированными значениями в ….

Вот команда, которую я использую для запуска программы из командной строки и ее параметров.

 [path1] -p blastp -d [parameter1] -i [path2] -e [parameter2] -m 9 -o [path3]

where [path1] is the path to ../blast-2.2.26/bin/blastall,
[path2] is the path to sample.fasta
[path3] is the path for the output file (you may want to create another folder for generating the output)
[parameter1] is the name of database chosen by the user from your page (eg. Human.db, Viruses.db, etc)
[parameter2] is the E-value given by the user from your page(eg. 0.0001, 1, 1000, etc)

Фактический код, который я набрал бы в командной строке, был бы

~/blast/blast-2.2.26/bin/blastall -p blastp -d db -i ~/temp/sample.fasta -m 9 -o output'

Вот мой код до сих пор.

<form method="POST", action="/~cs4380sp15grp4/home/blast.php"><?php
session_start();
require_once '../secure/database.php';
$mysqli = new mysqli($dbhost,$dbuser,$dbpass,$dbname);

if($mysqli->connect_error){
exit('CON Error: ' . $mysqli->connect_errno . ' ' . $mysqli->connect_error);
}

//Insert the values into the database

if(isset($_POST['submit'])){$db = $_POST['database'];
$evalue = $_POST['evalue'];
$sequence = $_POST['BlastSearch'];exec('/students/groups/cs4380sp15grp4/blast/blast-2.2.26/bin/blastall -p blastp -d db -i /students/groups/cs4380sp15grp4/temp/sample.fasta -m 9 -o /students/groups/cs4380sp15grp4/temp/output');
}
?>

Так что моя функция exec не работает на моей странице php, потому что та же самая команда работает в терминале.