Анализ результатов curl как simpleXML и их использование для создания новых данных XML

Я извлекаю данные из PubMed как XML и использую curl для обработки тех результатов, которые я загружаю на другую страницу как SimpleXML. Это позволяет мне собирать нужную мне информацию (список идентификаторов пабов) и использовать ее как переменную для ДРУГОГО опубликованного скраба. Этот получает сводку конкретных идентификаторов паба. Вот мой первый файл ($ name в конечном итоге будет динамическим):

<?php
header('Content-type: text/xml');
$name = 'white,theodore';

$ch = curl_init();
curl_setopt($ch, CURLOPT_URL, 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term='.$name.'[author]&retmode=xml&retmax=50');
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_SSL_VERIFYPEER, false);
curl_setopt($ch, CURLOPT_VERBOSE, 0);
curl_setopt($ch, CURLOPT_FOLLOWLOCATION, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_AUTOREFERER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_MAXREDIRS, 10);
curl_setopt($ch, CURLOPT_CUSTOMREQUEST, 'POST');
curl_setopt($ch, CURLOPT_FRESH_CONNECT, 1);

$output = curl_exec($ch);

print $output;

curl_close($ch);

?>

Который экспортирует данные XML, который включает (помимо прочего) список идентификаторов пабов.

xml output

<eSearchResult>
<Count>45</Count>
<RetMax>45</RetMax>
<RetStart>0</RetStart>
<IdList>
<Id>27431223</Id>
<Id>26234644</Id>
<Id>25824209</Id>
<Id>25667269</Id>
<Id>25646566</Id>
<Id>25085959</Id>
<Id>24453983</Id>
<Id>23908482</Id>
<Id>23845238</Id>
<Id>23758576</Id>
<Id>23606207</Id>
<Id>23475705</Id>
<Id>23253612</Id>
<Id>22951933</Id>
<Id>22479177</Id>
<Id>22080454</Id>
<Id>21977036</Id>
<Id>21951709</Id>
<Id>21247460</Id>
<Id>21145410</Id>
<Id>21078937</Id>
<Id>20941354</Id>
<Id>20737430</Id>
<Id>20656915</Id>
<Id>20430817</Id>
<Id>20161440</Id>
<Id>19880755</Id>
<Id>18757808</Id>
<Id>18675371</Id>
<Id>18539886</Id>
<Id>18436555</Id>
<Id>18404551</Id>
<Id>18343803</Id>
<Id>18310042</Id>
<Id>17951521</Id>
<Id>17071565</Id>
<Id>15980350</Id>
<Id>15766602</Id>
<Id>15590814</Id>
<Id>15047513</Id>
<Id>14653518</Id>
<Id>12576598</Id>
<Id>12517831</Id>
<Id>12019079</Id>
<Id>11932451</Id>
</IdList>
<TranslationSet>
<Translation>
<From>white, theodore[author]</From>
<To>White, Theodore[Full Author Name]</To>
</Translation>
</TranslationSet>
<TranslationStack>
<TermSet>
<Term>White, Theodore[Full Author Name]</Term>
<Field>Full Author Name</Field>
<Count>45</Count>
<Explode>N</Explode>
</TermSet>
<OP>GROUP</OP>
</TranslationStack>
<QueryTranslation>White, Theodore[Full Author Name] </QueryTranslation>
</eSearchResult>

Затем я загружаю его на другую страницу, чтобы использовать SimpleXML для преобразования идентификаторов пабов в переменную. И используя эту переменную, попробуйте другой запрос curl / pubmed, этот извлекает сводки на основе этих идентификаторов:

<?php
$xml=simplexml_load_file('https://sbs2.umkc.edu/wp-content/themes/SBS_Theme/js/pubMedExport.php','SimpleXMLElement', LIBXML_NOCDATA) or die("Error: Cannot create object");
$idList = $xml->IdList;
foreach($idList->children() as $id) {
$idResult = $id . ",";
//echo $idResult;

$ch = curl_init();
curl_setopt($ch, CURLOPT_URL, 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id='.$id.'');
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_SSL_VERIFYPEER, false);
curl_setopt($ch, CURLOPT_VERBOSE, 0);
curl_setopt($ch, CURLOPT_FOLLOWLOCATION, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_AUTOREFERER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_MAXREDIRS, 10);
curl_setopt($ch, CURLOPT_CUSTOMREQUEST, 'POST');
curl_setopt($ch, CURLOPT_FRESH_CONNECT, 1);

$result = curl_exec($ch);
echo $result . "</br></br>";

curl_close($ch);

}
?>

Я могу заставить это экспортировать как отдельные цитаты, но моя проблема в том, что мне все еще нужно иметь возможность захватить этот второй набор данных, чтобы я мог форматировать определенные вещи, такие как Авторы, и исключать ненужные данные.

полные цитаты

Вот XML из ОДНОГО результата.

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<!DOCTYPE eSummaryResult PUBLIC "-//NLM//DTD esummary v1 20041029//EN" "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/eutils/dtd/20041029/esummary-v1.dtd">
<eSummaryResult>
<DocSum>
<Id>27431223</Id>
<Item Name="PubDate" Type="Date">2016 Oct</Item>
<Item Name="EPubDate" Type="Date">2016 Sep 23</Item>
<Item Name="Source" Type="String">Antimicrob Agents Chemother</Item>
<Item Name="AuthorList" Type="List">
<Item Name="Author" Type="String">Bhattacharya S</Item>
<Item Name="Author" Type="String">Sobel JD</Item>
<Item Name="Author" Type="String">White TC</Item>
</Item>
<Item Name="LastAuthor" Type="String">White TC</Item>
<Item Name="Title" Type="String">A Combination Fluorescence Assay Demonstrates Increased Efflux Pump Activity as a Resistance Mechanism in Azole-Resistant Vaginal Candida albicans Isolates.</Item>
<Item Name="Volume" Type="String">60</Item>
<Item Name="Issue" Type="String">10</Item>
<Item Name="Pages" Type="String">5858-66</Item>
<Item Name="LangList" Type="List">
<Item Name="Lang" Type="String">English</Item>
</Item>
<Item Name="NlmUniqueID" Type="String">0315061</Item>
<Item Name="ISSN" Type="String">0066-4804</Item>
<Item Name="ESSN" Type="String">1098-6596</Item>
<Item Name="PubTypeList" Type="List">
<Item Name="PubType" Type="String">Journal Article</Item>
</Item>
<Item Name="RecordStatus" Type="String">Unknown status</Item>
<Item Name="PubStatus" Type="String">epublish</Item>
<Item Name="ArticleIds" Type="List">
<Item Name="pubmed" Type="String">27431223</Item>
<Item Name="pii" Type="String">AAC.01252-16</Item>
<Item Name="doi" Type="String">10.1128/AAC.01252-16</Item>
<Item Name="pmc" Type="String">PMC5038269</Item>
<Item Name="rid" Type="String">27431223</Item>
<Item Name="eid" Type="String">27431223</Item>
<Item Name="pmcid" Type="String">pmc-id: PMC5038269;embargo-date: 2017/04/01;</Item>
</Item>
<Item Name="DOI" Type="String">10.1128/AAC.01252-16</Item>
<Item Name="History" Type="List">
<Item Name="received" Type="Date">2016/06/10 00:00</Item>
<Item Name="accepted" Type="Date">2016/07/12 00:00</Item>
<Item Name="pmc-release" Type="Date">2017/04/01 00:00</Item>
<Item Name="entrez" Type="Date">2016/07/20 06:00</Item>
<Item Name="pubmed" Type="Date">2016/07/20 06:00</Item>
<Item Name="medline" Type="Date">2016/07/20 06:00</Item>
</Item>
<Item Name="References" Type="List"></Item>
<Item Name="HasAbstract" Type="Integer">1</Item>
<Item Name="PmcRefCount" Type="Integer">0</Item>
<Item Name="FullJournalName" Type="String">Antimicrobial agents and chemotherapy</Item>
<Item Name="ELocationID" Type="String">doi: 10.1128/AAC.01252-16</Item>
<Item Name="SO" Type="String">2016 Oct;60(10):5858-66</Item>
</DocSum>

</eSummaryResult>
</br></br>

Я не могу понять, как получить элементы из этого второго набора данных. Источник показывает, что он все еще отформатирован правильно, но я продолжаю получать ошибки «Попытка получить свойство не-объекта».

Я решил отправить эти результаты в еще один файл и использовать SimpleXML для управления им, но поскольку я анализирую первый файл и добавляю еще один завиток на той же странице, мне, кажется, не нравится, когда я добавляю заголовок

Любая помощь будет принята с благодарностью!

ОБНОВИТЬ: Спасибо @EatPeanutButter за указание в правильном направлении. Используя
$cxml=simplexml_load_string($result);
вместо
$Cxml = new SimpleXMLElement($result);
Мне удалось не только получить нужные данные, но и сложить завитки на одной странице следующим образом.

<?php
$name = 'white,theodore';
// Return xml data from PubMed based on author search name
$ch = curl_init();
curl_setopt($ch, CURLOPT_URL, 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term='.$name.'[author]&retmode=xml&retmax=50');
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_SSL_VERIFYPEER, false);
curl_setopt($ch, CURLOPT_VERBOSE, 0);
curl_setopt($ch, CURLOPT_FOLLOWLOCATION, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_AUTOREFERER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_MAXREDIRS, 10);
curl_setopt($ch, CURLOPT_CUSTOMREQUEST, 'POST');
curl_setopt($ch, CURLOPT_FRESH_CONNECT, 1);

$output = curl_exec($ch);

curl_close($ch);

// Parse the results and concatenate into a string of Publication IDs
$xml=simplexml_load_string($output);
$idList = $xml->IdList;
$ids = "";
foreach($idList->children() as $id) {
$ids .= $id . ",";
}

// Plug that string of IDs into another PubMed search, this one returning XML data for Publication Summaries
$path = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id='.$ids;

$ch2 = curl_init();
curl_setopt($ch2, CURLOPT_URL, $path);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_SSL_VERIFYPEER, false);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_VERBOSE, 0);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_FOLLOWLOCATION, true);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_AUTOREFERER, true);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_MAXREDIRS, 10);
curl_setopt($ch2, CURLOPT_CUSTOMREQUEST, 'POST');
curl_setopt($ch2, CURLOPT_FRESH_CONNECT, 1);

$result = curl_exec($ch2);

curl_close($ch2);
// Parse those results and print only what is needed for Citation format
$cxml=simplexml_load_string($result);
foreach($cxml->children() as $docsum) {
foreach($docsum->children() as $item) {
foreach($item->children() as $details) {
if ((string) $details['Name'] === 'Author') {echo $details . "., ";}
}
if ((string) $item['Name'] === 'FullJournalName') { echo $item . ". "; }
if ((string) $item['Name'] === 'Title') { echo "<strong>" . $item . "</strong> "; }
if ((string) $item['Name'] === 'Volume') { echo "Vol." . $item . ", "; }
if ((string) $item['Name'] === 'Issue') { echo "Issue" . $item . ". "; }
if ((string) $item['Name'] === 'PubDate') { echo $item . ". "; }
foreach($item->children() as $details) {
if ((string) $details['Name'] === 'PubType') {echo $details . ", ";}
}
}
echo "</br></br>";
}

?>

И теперь, конечно, это создало новую проблему, которую я собираюсь опубликовать в качестве дополнительного вопроса!