2006: сервер MySQL ушел

Я получаю ошибки «Потеряно соединение с сервером MySQL» и «2006: сервер MySQL исчез» так часто, что сервер становится непригодным для использования. Есть вопросы, связанные с этой проблемой в SO, но не относящиеся к моей ситуации; например, нет сетевого подключения (сервер подключен через сокет к клиентскому процессу, который находится на том же компьютере), и нет длинных запросов (на компьютере запущено несколько CMS — mediawiki, drupal и joomla — и PHPMyAdmin, но нет ничего исключительного в сгенерированных запросах, AFAIK).

Я увеличил все таймауты до такой степени, что они наверняка должны быть достаточными:

+-----------------------------+----------+
| Variable_name               | Value    |
+-----------------------------+----------+
| connect_timeout             | 60       |
| delayed_insert_timeout      | 300      |
| innodb_flush_log_at_timeout | 1        |
| innodb_lock_wait_timeout    | 50       |
| innodb_rollback_on_timeout  | OFF      |
| interactive_timeout         | 28800    |
| lock_wait_timeout           | 31536000 |
| net_read_timeout            | 6000     |
| net_write_timeout           | 6000     |
| rpl_stop_slave_timeout      | 31536000 |
| slave_net_timeout           | 3600     |
| wait_timeout                | 28800    |
| max_allowed_packet          | 16777216 |
+-----------------------------+----------+

Я также изменил параметр connect_timeout в php.ini на неограниченный:

; Maximum time (in seconds) for connect timeout. -1 means no limit
; http://php.net/mysql.connect-timeout
mysql.connect_timeout = -1

Перезапуск сервера устраняет проблему на несколько часов. После этого каждый доступ через CMS (т.е. через PHP) и через небольшую тестовую программу PHP с тривиальным запросом завершается неудачей. Тем не менее, я все еще могу получить доступ к серверу MySQL и базам данных через клиент MySQL.

В журнале ошибок MySQL нет сообщений об ошибках.

Сервер работает на последнем Mac Mini, используя Mac OS X 10.9.5, MySQL v5.6.22 и PHP v5.6.3, установленные с использованием Mac Port.

Можете ли вы помочь с идеями, где я должен искать, чтобы справиться с этим?