У меня есть опыт использования Prototype, Scriptaculous и jQuery. Возможности jQuery кажутся мне потрясающими, при этом код получается намного короче, чем в Prototype.
Что же делает его таким мощным и удобным? Напишу своё мнение.
Так что моё мнение — переходи на jQuery, даже не думай.