Почему большинство выбирает JSON вместо XML в jQuery?

В основном потому, что JavaScript есть встроенная и естественная поддержка JSON. С этого формата можно легко хранить и передавать данные, в первую очередь благодаря двум его фундаментальным принципам:

• Совокупность пар «имя/значение». В большинстве языков программирования такая связка реализуется посредством объектов, записей, структур, словарей, хеш-таблиц, ключевых списков или ассоциативных массивов.
• Упорядоченный список значений. В большинстве языков, это реализуется через обычные массивы, векторы, списки или ряды.

К плюсам формата также нужно отнести уменьшенную избыточность по сравнению с XML. JSON очень компактный, можно даже сказать «минималистический».

Однако, XML предпочтительней в тех проектах, где очень много разных данных, из разных именных пространств, хранятся вместе. Тогда работать с этим форматом проще.