Разница в том, что functionTwo будет видна из любого места блока, в то время как functionOne можно вызвать только после её объявления.
functionOne(); // Ошибка // потому что functionOne ещё не определена var functionOne = function() { } // В этом месте functionOne была бы доступна functionTwo(); // Ошибок не будет // потому что функция functionTwo видна в любом месте блока function functionTwo() { }