На чистом CSS нет, но это можно сделать путём введения дополнительного внешнего элемента. Необходимо назначить этому внешнему элементу желаемый цвет линии перечеркивания, а внутреннему назначить только его цвет. Например:
<span style=''color:red;text-decoration:line-through''> <span style=''color:blue;''>Синий текст зачёркнут красной линией</span> </span>
Получим вот-такое:
Синий текст зачёркнут красной линией