К сожалению, у объектах, которые рисуются в Canvas, нет свойства z-index. Их также нельзя группировать в слои. Каждый новый объект рисуется поверх всех остальных. Однако, Вашу проблему можно решить использованием нескольких Canvas-ов в документе. Просто разместите их поверх друг друга и задайте нужный z-index. Рисуйте в каждом канвасе, как будто это и есть отдельный слой.
<div style="position: relative;"> <canvas id="layer1" width="100" height="100" style="position: absolute; left: 0; top: 0; z-index: 0;"></canvas> <canvas id="layer2" width="100" height="100" style="position: absolute; left: 0; top: 0; z-index: 1;"></canvas> </div>