Взрыв не может создать контейнер единиц измерения
Я строю взрывную локальную базу данных. Однако, когда я запускаю команду blastn, я получаю это сообщение об ошибке:
T0 «/home/coremake/release_build/build/PrepareRelease_Linux64-Centos_JSID_01_250088_130.14.22.10_9008__PrepareRelease_Linux64-Centos_1448906370/c++/compilers/unix////__mask/ист_сервис: 170/1/1/1/inист_сервис_исток_переменной_процедума :: CSeqMaskerIstatFactory :: DiscoverStatType () — не удалось открыть
T0 :: CSeqMaskerIstatFactory :: create () — не удалось создать контейнер подсчета единиц
Я использую эту команду для создания локальной базы данных взрыва:
makeblastdb -in chr23.fa -parse_seqids -dbtype nucl
И это моя команда для выполнения взрыва:
blastn -task megablast -db HumanGenome/blastdb/chr23.fa -window_masker_taxid 9606 -query readBatch.txt -out blastOut.txt
Любая помощь будет очень признательна .. спасибо
Решение
Появляется, что вам нужно сначала создать файлы WindowMasker:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279687/
В частности, связанный контент упоминается Шаг 1:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279681/#cookbook.Create_masking_information_usin_1
Другие решения
Если оконный мастер не является абсолютным требованием, подумайте RepeatMasker
Есть несколько этапов установки, но вы все довольно просто. Я нахожу их документацию лучше, чем документацию оконного мастера, и они требуют лучшего маскирующего покрытия.
(Мой опыт определенно связан с бесплатной опцией HMMER / Dfam.)
(Второе замечание Винса о требовании создания маскирующей базы данных … Вы пытались запустить тот же Blastn без опции Windowmasker?)