Выходные файлы, созданные в C ++ dll, имеют дополнительные строки при вызове через JNI в веб-приложении Java EE

Я вызываю c ++ dll в веб-приложении Java EE (файл war). DLL получает входные данные в виде передачи файлов и генерирует некоторые выходные файлы. DLL вызывается с использованием JNI. В длинном (20–200 тыс. Строк) выходном файле всегда есть несколько дополнительных строк (последние несколько строк переписаны).

Тот же код (за исключением изменений, внесенных в JNI dll), запускаемый как .exe, не имеет этих дополнительных строк. Хотя я не тестировал эту конкретную версию DLL, предыдущая версия при вызове из приложения .jar через JNI не имела этой проблемы.

Может кто-нибудь помочь мне решить эту проблему? Заранее спасибо.