У меня есть функция C ++, которая вызывается внутри функции R с помощью Rcpp packgae. Функция R принимает inputDataFrame
и использует функцию C ++ (также принимает DataFrame) для расчета количества лекарств (A1)
как функция со временем. R затем возвращает inputDataFrame
с добавленным столбцом для рассчитанных сумм A1
,
У меня проблемы с созданием Rpackage для этой функции. Я последовал за Инструкция RStudio но я столкнулся с ошибкой при сборке пакета. Ошибка в RcppExport.cpp
файл и утверждает, что 'OneCompIVbolusCpp' was not declared in this scope
,
Вот коды для функций C ++ и R. Они прекрасно работают в R, когда я обрабатываю примерный фрейм данных.
Rfunction OneCompIVbolus_Rfunction.R
:
library(Rcpp)
sourceCpp("OneCompIVbolusCppfunction.cpp")
OneCompIVbolusRCpp <- function(inputDataFrame){
inputDataFrame$A1[inputDataFrame$TIME==0] <- inputDataFrame$AMT[inputDataFrame$TIME==0]
OneCompIVbolusCpp( inputDataFrame )
inputDataFrame
}
Функция C ++ OneCompIVbolusCppfunction.cpp
:
#include <Rcpp.h>
#include <math.h>
#include <iostream>
using namespace Rcpp;
using namespace std;
// [[Rcpp::export]]
// input Dataframe from R
DataFrame OneCompIVbolusCpp(DataFrame inputFrame){
// Create vectors of each element used in function and for constructing output dataframe
Rcpp::DoubleVector TIME = inputFrame["TIME"];
Rcpp::DoubleVector AMT = inputFrame["AMT"];
Rcpp::DoubleVector k10 = inputFrame["k10"];
Rcpp::DoubleVector A1 = inputFrame["A1"];
double currentk10, currentTime, previousA1, currentA1;
// in C++ arrays start at index 0, so to start at 2nd row need to set counter to 1
// for counter from 1 to the number of rows in input data frame
for(int counter = 1; counter < inputFrame.nrows(); counter++){
// pull out all the variables that will be used for calculation
currentk10 = k10[ counter ];
currentTime = TIME[ counter ] - TIME[ counter - 1];
previousA1 = A1[ counter - 1 ];
// Calculate currentA1
currentA1 = previousA1*exp(-currentTime*currentk10);
// Fill in Amounts and check for other doses
A1[ counter ] = currentA1 + AMT[ counter ];
} // end for loop
return(0);
}
Любые намеки на то, что я здесь делаю не так? Как я могу решить эту проблему?
редактировать:
Вот пример запуска составной функции OneCompIVbolusRCpp
в R:
library(plyr)
library(Rcpp)
source("OneCompIVbolus_Rfunction.R")
#-------------
# Generate df
#-------------
#Set dose records:
dosetimes <- c(0,12)
#set number of subjects
ID <- 1:2
#Make dataframe
df <- expand.grid("ID"=ID,"TIME"=sort(unique(c(seq(0,24,1),dosetimes))),"AMT"=0,"MDV"=0,"CL"=2,"V"=10)
doserows <- subset(df, TIME%in%dosetimes)
#Dose = 100 mg, Dose 1 at time 0
doserows$AMT[doserows$TIME==dosetimes[1]] <- 100
#Dose 2 at 12
doserows$AMT[doserows$TIME==dosetimes[2]] <- 50
#Add back dose information
df <- rbind(df,doserows)
df <- df[order(df$ID,df$TIME,df$AMT),] # arrange df by TIME (ascending) and by AMT (descending)
df <- subset(df, (TIME==0 & AMT==0)==F) # remove the row that has a TIME=0 and AMT=0
df$k10 <- df$CL/df$V
#-------------
# Apply the function
#-------------
simdf <- ddply(df, .(ID), OneCompIVbolusRCpp)
Вы можете просто ошибиться при заказе. Вместо
// [[Rcpp::export]]
// input Dataframe from R
DataFrame OneCompIVbolusCpp(DataFrame inputFrame){
// ...
делать
// input Dataframe from R
// [[Rcpp::export]]
DataFrame OneCompIVbolusCpp(DataFrame inputFrame){
// ...
как [[Rcpp::export]]
тег должен прийти непосредственно перед функцией, которую он экспортирует.
Других решений пока нет …