Мое решение состоит из нескольких управляемых и неуправляемых библиотек. Я использую NuGet для всех проектов (даже для неуправляемых библиотек). Я не храню пакеты в системе контроля версий (я использую опцию «Включить восстановление пакета NuGet»). После внесения этого изменения в NuGet файлы неуправляемых проектов (vcxproj и vcxproj.filter) проверяются VS, даже если они не были внесены. Кто-нибудь знает, в чем может быть проблема? Я думаю, что это связано с NuGet.
Задача ещё не решена.