Структура HDF5 с массивом указателей
Я пытаюсь написать файл HDF5 со структурой, которая содержит int и float *
typedef struct s1_t {
int a;
float *b;
} s1_t;
Тем не менее, после размещения float * и ввода значений в него, я все еще не могу вывести данные в моем файле hdf5. Я считаю, что это потому, что функция записи предполагает, что составной тип данных является смежным, когда динамически распределенный массив не будет. Есть ли способ обойти эту проблему, все еще используя массив указателей?
/*
* This example shows how to create a compound data type with an array member,
* and write an array which has the compound data type to the file.
*/
#include "stdio.h"#include "stdlib.h"#include "hdf5.h"
#define FILE "DSwith_array_member.h5"#define DATASETNAME "ArrayOfStructures"#define LENGTH 10
#define RANK 1
#define ARRAY_RANK 1
#define ARRAY_DIM 3
int
main(void)
{
/* First structure and dataset*/
typedef struct s1_t {
int a;
//float b[ARRAY_DIM];
float *b;
} s1_t;
s1_t s1[LENGTH];
hid_t s1_tid; /* File datatype identifier */
hid_t array_tid; /* Array datatype handle */
hid_t file, dataset, space; /* Handles */
herr_t status;
hsize_t dim[] = {LENGTH}; /* Dataspace dimensions */
hsize_t array_dim[] = {ARRAY_DIM}; /* Array dimensions */
int i, j;
/*
* Initialize the data
*/
for (i = 0; i< LENGTH; i++) {
s1[i].a = i;
s1[i].b = (float*)calloc(ARRAY_DIM, sizeof(float));
for (j = 0; j < ARRAY_DIM; j++) {
s1[i].b[j] = i+j;
}
}
/*
* Create the data space.
*/
space = H5Screate_simple(RANK, dim, NULL);
/*
* Create the file.
*/
file = H5Fcreate(FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
/*
* Create the array data type.
*/
array_tid = H5Tarray_create(H5T_NATIVE_FLOAT, ARRAY_RANK, array_dim);
/*
* Create the memory data type.
*/
s1_tid = H5Tcreate (H5T_COMPOUND, sizeof(s1_t));
H5Tinsert(s1_tid, "a_name", HOFFSET(s1_t, a), H5T_NATIVE_INT);
H5Tinsert(s1_tid, "b_name", HOFFSET(s1_t, b), array_tid);
/*
* Create the dataset.
*/
dataset = H5Dcreate(file, DATASETNAME, s1_tid, space, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
/*
* Wtite data to the dataset;
*/
status = H5Dwrite(dataset, s1_tid, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, s1);
/*
* Release resources
*/
H5Tclose(s1_tid);
H5Tclose(array_tid);
H5Sclose(space);
H5Dclose(dataset);
H5Fclose(file);return 0;
}
Решение
Вы правы. Изменение вашей структуры на
typedef struct s1_t {
int a;
float b[ARRAY_DIM];
} s1_t;
будет работать, но я думаю, вы это знаете.
Я вижу два решения:
- Используйте для записи временный буфер, как массив описанной выше структуры.
- Использование массива переменной длины вместо массива для
b_name,
Пример использования массива переменной длины для b_name
#include "stdio.h"#include "stdlib.h"#include "hdf5.h"
#define FILE "DSwith_array_member.h5"#define DATASETNAME "ArrayOfStructures"#define LENGTH 10
#define RANK 1
#define ARRAY_RANK 1
#define ARRAY_DIM 3
typedef struct s1_t {
int a;
float *b;
} s1_t;
typedef struct s1_buffer_t {
int a;
hvl_t b;
} s1_buffer_t;
int main(void)
{
s1_t s1[LENGTH];
hid_t s1_tid; /* File datatype identifier */
hid_t file, dataset, space, vlen_tid; /* Handles */
hsize_t dim[] = {LENGTH}; /* Dataspace dimensions */
int i, j;
s1_buffer_t s1_buffer[LENGTH];
for (i = 0; i< LENGTH; i++) {
s1[i].a = i;
s1[i].b = (float*)calloc(ARRAY_DIM, sizeof(float));
for (j = 0; j < ARRAY_DIM; j++) {
s1[i].b[j] = i+j;
}
}
space = H5Screate_simple(RANK, dim, NULL);
file = H5Fcreate(FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
vlen_tid = H5Tvlen_create(H5T_NATIVE_FLOAT);
s1_tid = H5Tcreate(H5T_COMPOUND, sizeof(s1_buffer_t));
H5Tinsert(s1_tid, "a_name", HOFFSET(s1_t, a), H5T_NATIVE_INT);
H5Tinsert(s1_tid, "b_name", HOFFSET(s1_t, b), vlen_tid);
dataset = H5Dcreate(file, DATASETNAME, s1_tid, space, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
for (i = 0; i < LENGTH; ++i)
{
s1_buffer[i].a = s1[i].a;
s1_buffer[i].b.len = ARRAY_DIM;
s1_buffer[i].b.p = s1[i].b;
}
H5Dwrite(dataset, s1_tid, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, s1_buffer);
H5Tclose(s1_tid);
H5Tclose(vlen_tid);
H5Sclose(space);
H5Dclose(dataset);
H5Fclose(file);
return 0;
}
Как видите, вам все еще нужен временный буфер, но, по крайней мере, он должен хранить только указатели ( b указатели от s1) а не массивы размера ARRAY_DIM как было бы в случае с решением 1 выше.
Другие решения
Других решений пока нет …