R rcpp big.matrix присоединение

Я пытаюсь реализовать базовый код C ++ для объектов big.matrix в R. Я использую пакет Rcpp, прочитал демо Вот и даже применил еще одну простую функцию, которую я нашел на список rcpp-devel:

#include "bigmemory/BigMatrix.h"#include "bigmemory/MatrixAccessor.hpp"#include <Rcpp.h>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
void fun(SEXP A) {
Rcpp::XPtr<BigMatrix> bigMat(A);
MatrixAccessor<int> Am(*bigMat);

int nrows = bigMat->nrow();
int ncolumns = bigMat->ncol();
for (int j = 0; j < ncolumns; j++){
for (int i = 1; i < nrows; i++){
Am[j][i] = Am[j][i] + Am[j][i-1];
}
}
return;
}

// [[Rcpp::export]]
void BigTranspose(SEXP A)
{
Rcpp::XPtr<BigMatrix> pMat(A);
MatrixAccessor<int> mat(*pMat);

int r = pMat->nrow();
int c = pMat->ncol();

for(int i=0; i<r; ++i)
for(int j=0; j<c; ++j)
std::swap(mat[j][i], mat[i][j]);

return;
}

это fun Функция прекрасно работает, модифицируя объект big.matrix.

a <- matrix(seq(25), 5,5)
> a
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    2    7   12   17   22
[3,]    3    8   13   18   23
[4,]    4    9   14   19   24
[5,]    5   10   15   20   25
> fun(b@address)
> head(b)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    3   13   23   33   43
[3,]    6   21   36   51   66
[4,]   10   30   50   70   90
[5,]   15   40   65   90  115

Однако, когда я пытаюсь использовать функцию транспонирования простой квадратной матрицы, матрица не изменяется. Почему бы fun Функция работает, но не мой «BigTranspose»?

a <- matrix(seq(25), 5,5)
> a
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    2    7   12   17   22
[3,]    3    8   13   18   23
[4,]    4    9   14   19   24
[5,]    5   10   15   20   25
b <- as.big.matrix(a)
BigTranspose(b@address)
> head(b)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    2    7   12   17   22
[3,]    3    8   13   18   23
[4,]    4    9   14   19   24
[5,]    5   10   15   20   25

2

Решение

Проблема в вашем алгоритме транспонирования; Вы перебираете все строки и столбцы, поэтому ваш swapс меняются местами. Вы можете исправить это, просто установив jнижний индекс j = i+1 вместо j = 0:

#include "bigmemory/BigMatrix.h"#include "bigmemory/MatrixAccessor.hpp"#include <Rcpp.h>
// [[Rcpp::depends(BH, bigmemory)]]
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
void BigTranspose(SEXP A)
{
Rcpp::XPtr<BigMatrix> pMat(A);
MatrixAccessor<int> mat(*pMat);

int r = pMat->nrow();
int c = pMat->ncol();

for(int i=0; i<r; i++){
for(int j=0; j<c; j++){
std::swap(mat[j][i], mat[i][j]);
}
}
return;
}

// [[Rcpp::export]]
void BigTranspose2(SEXP A)
{
Rcpp::XPtr<BigMatrix> pMat(A);
MatrixAccessor<int> mat(*pMat);

int r = pMat->nrow();
int c = pMat->ncol();

for(int i=0; i<r; i++){
for(int j=(i+1); j<c; j++){
std::swap(mat[j][i], mat[i][j]);
}
}
return;
}

/*** R
##
b1 <- as.big.matrix(a)
head(b1)
##
BigTranspose(b1@address)
head(b1)
##
##
b2 <- as.big.matrix(a)
head(b2)
##
BigTranspose2(b2@address)
head(b2)
##
##
M <- matrix(1:25,ncol=5)
t(M)
##
*/

Вы можете увидеть, что вторая версия работает правильно, сравнив вывод BigTranspose2 с этим из t(M), где M это matrix эквивалент b1 а также b2:

> Rcpp::sourceCpp('bigMatTranspose.cpp')

> b1 <- as.big.matrix(a)

> head(b1)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    2    7   12   17   22
[3,]    3    8   13   18   23
[4,]    4    9   14   19   24
[5,]    5   10   15   20   25

> ##
> BigTranspose(b1@address)

> head(b1)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    2    7   12   17   22
[3,]    3    8   13   18   23
[4,]    4    9   14   19   24
[5,]    5   10   15   20   25

> ##
> ##
> b2 <- as.big.matrix(a)

> head(b2)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    2    7   12   17   22
[3,]    3    8   13   18   23
[4,]    4    9   14   19   24
[5,]    5   10   15   20   25

> ##
> BigTranspose2(b2@address)

> head(b2)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    2    3    4    5
[2,]    6    7    8    9   10
[3,]   11   12   13   14   15
[4,]   16   17   18   19   20
[5,]   21   22   23   24   25

> ##
> ##
> M <- matrix(1:25,ncol=5)

> t(M)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    2    3    4    5
[2,]    6    7    8    9   10
[3,]   11   12   13   14   15
[4,]   16   17   18   19   20
[5,]   21   22   23   24   25

Просто отметьте, что это будет работать правильно для квадратных матриц, но вам придется внести некоторые изменения, чтобы он работал с матрицами произвольной размерности.

2

Другие решения


По вопросам рекламы [email protected]