Python — Ошибка сборки RDKit

Rdkit (версия: 2013_09_1) make дает несколько ошибок:

make [2]: [Code / GraphMol / SLNParse / testSLNParse]

[Code / GraphMol / SLNParse / CMakeFiles / testSLNParse.dir / all] Ошибка 2

Предыдущие шаги (Boost 1.54.0, EIGEN3)

—————————————————УВЕЛИЧЕНИЕ—————————————————

mkdir ~/boost

mkdir ~/boost/boost-home

cd ~/boost/

wget "source to boost"
tar zxvf boost_1_54_0.tar.bz2

cd boost_1_54_0/

./bootstrap.sh --with-python-version=2.7

./b2 --prefix=/lustre/home/ic003/amakris/boost/boost-home --enable-unicode=ucs4 link=shared install

экспорт
LD_LIBRARY_PATH = «лоск / дома / ic003 / amakris / импульс / наддува дома / Библиотека: $ {LD_LIBRARY_PATH}»

экспорт
LD_LIBRARY_PATH = «/ лоск / дома / ic003 / amakris / импульс / boost_1_54_0 / bin.v2 / ЛИЭС / питон / строить / GCC-5.4.0 / выпуск / резьбонарезных мульти /: $ {LD_LIBRARY_PATH}»

—————————————————-RDKIT—————————————————

mkdir ~/rdkit

cd ~/rdkit/

wget "source to rdkit"
tar xvf RDKit_2013_09_1.tgz

экспорт RDBASE = / блеск / home / ic003 / amakris / rdkit / RDKit_2013_09_1

экспорт LD_LIBRARY_PATH = $ RDBASE / lib: $ LD_LIBRARY_PATH

export PYTHONPATH = $ RDBASE: $ PYTHONPATH

В CMakeLists.txt я добавил:

SET(CMAKE_INCLUDE_PATH ${CMAKE_INCLUDE_PATH}"/lustre/home/ic003/amakris/boost/boost-home/include")
SET(CMAKE_LIBRARY_PATH ${CMAKE_LIBRARY_PATH} "/lustre/home/ic003/amakris/boost/boost-home/lib")
SET(Boost_LIBRARY_DIRS "/lustre/home/ic003/amakris/boost/boost-home/lib")

чтобы гарантировать, что используется правильная версия наддува (вместо 1.64, который система имеет по умолчанию).

mkdir $RDBASE/build

cd build

cmake / luster / home / ic003 / amakris / rdkit / RDKit_2013_09_1 /> -DBOOST_ROOT = / глянец / home / ic003 / amakris / boost / boost-home -DBoost_NO_SYSTEM_PATHS = ON
-DBoost_USE_STATIC_LIBS = OFF
-DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT = ON -DEIGEN3_INCLUDE_DIR = / luster / home / ic003 / amakris / .local / include / eigen3 -DAVALONTOOLS_DIR = $ RDBASE / External / AvalonTools / distrib / SourceDistribution
-DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT = ON

cmake результаты:

— Проверьте, является ли система прямым порядком байтов

— Поиск 16-битного целого

— Ищу sys / types.h

— Ищу sys / types.h — нашел

— Ищу stdint.h

— Ищу stdint.h — нашел

— Ищу stddef.h

— Ищу stddef.h — нашел

— Проверьте размер неподписанного короткого

— Проверьте размер неподписанного короткого — сделано

— Использование неподписанного короткого

— Проверьте, является ли система прямым порядком байтов — прямым порядком байтов

— Найдены PythonLibs: /usr/lib64/libpython2.7.so (найденная версия «2.7.5»)
— Найдено PythonInterp: / usr / bin / python (найдена версия «2.7.5»)

— Boost версия: 1.54.0

— Найдены следующие библиотеки Boost:

— питон

— Ищем включаемый файл pthread.h

— Ищу включаемый файл pthread.h — нашел

— Ищете pthread_create

— Ищете pthread_create — не найдено

— Ищем pthread_create в pthreads

— Поиск pthread_create в pthreads — не найден

— Ищем pthread_create в pthread

— Ищем pthread_create в pthread — найдено

— Найденные темы: ИСТИНА

— НЕ удалось найти InChI в системных расположениях (отсутствует: INCHI_LIBRARY INCHI_INCLUDE_DIR)

— Нашел программное обеспечение InChI локально

— Найден ЗУБР: / usr / bin / bison

— Найден FLEX: / usr / bin / flex

— Boost версия: 1.54.0

— Найдены следующие библиотеки Boost:

— регулярное выражение

— Конфигурирование сделано

— Генерация завершена

Когда я пытаюсь сделать с (make -j 4) я получаю следующую ошибку:

../../../lib/libSLNParse.so.1.2013.09.1: неопределенная ссылка на boost::match_results<__gnu_cxx::__normal_iterator<char const*, std::string>, std::allocator<boost::sub_match<__gnu_cxx::__normal_iterator<char const*, std::string> > > >::maybe_assign(boost::match_results<__gnu_cxx::__normal_iterator<char const*, std::string>, std::allocator<boost::sub_match<__gnu_cxx::__normal_iterator<char const*, std::string> > > > const&)'
../../../lib/libSLNParse.so.1.2013.09.1: undefined reference toповышение :: re_detail :: perl_matcher<__gnu_cxx :: __ normal_iterator, std :: allocator>>, boost :: regex_traits>> :: construct_init (boost :: basic_regex>> const&, boost :: regex_constants :: _ match_flags) ‘
collect2: error: ld вернул 1 состояние выхода
make [2]: [Code / GraphMol / SLNParse / testSLNParse] Ошибка 1
make [1]: [Code / GraphMol / SLNParse / CMakeFiles / testSLNParse.dir / all] Ошибка 2

Я знаю, что если я добавлю в cmake -DRDK_BUILD_SLN_SUPPORT = OFF сборка удалась. Но мне нужна поддержка SLN, поэтому я не использую ее.

Кто-нибудь знает, что идет не так? (Я хочу эти версии вышеуказанных пакетов, а также у меня нет привилегий sudo).

Заранее спасибо.