ParMETIS: неопределенная ссылка на ParMETIS_V3_PartMeshKway

Я собрал и установил parmetis-4.0.3 и написал простой код для его тестирования. Но я получаю сообщение об ошибке: «неопределенная ссылка на ParMETIS_V3_PartMeshKway»

Код C у меня есть:

#include <iostream>
#include "parmetis.h"
int main(int argc, char **argv)
{

MPI_Init(&argc, &argv);

int np = 3;  int ne = 36;

idx_t *elmdist = new idx_t[np+1];  for (int i=0; i<np+1; i++) {elmdist[i] = (i-1)*ne/np;} elmdist[np] = ne;

idx_t *eptr = new idx_t[ne+1];   for (int i=0; i<ne+1; i++) {eptr[i] = (i-1)*3;}

idx_t eind_[] = {13, 14, 15,
13, 16, 17,
2, 17, 6,
4, 15, 10,
13, 15, 19,
13, 17, 18,
13, 19, 16,
13, 18, 14,
1, 5, 16,
3, 9, 14,
7, 8, 18,
11, 12, 19,
1, 20, 12,
3, 21, 8,
7, 18, 23,
11, 19, 22,
2, 23, 17,
4, 22, 15,
14, 25, 15,
16, 24, 17,
15, 22, 19,
17, 23, 18,
1, 16, 20,
3, 14, 21,
5, 24, 16,
9, 25, 14,
16, 19, 20,
14, 18, 21,
6, 17, 24,
10, 15, 25,
5, 6, 24,
9, 10, 25,
8, 21, 18,
12, 20, 19,
2, 7, 23,
4, 11, 22};
idx_t *eind = eind_;

idx_t *elmwgt = NULL;

idx_t wgtflag_[] = {0};
idx_t *wgtflag = wgtflag_;

idx_t numflag_[] = {0};
idx_t *numflag = numflag_;

idx_t ncon_[] = {1};
idx_t *ncon = ncon_;

idx_t ncommonnodes_[] = {2};
idx_t *ncommonnodes = ncommonnodes_;

idx_t nparts_[] = {np};
idx_t *nparts = nparts_;

real_t *tpwgts = new real_t[np*ncon[0]]; for(int i=0; i<np*ncon[0]; i++) {tpwgts[i] = 1.0/np;}

real_t ubvec_[] = {1.05};
real_t *ubvec = ubvec_;

idx_t options_[] ={0, 0, 0};
idx_t *options =options_;

idx_t *edgecut=NULL;

idx_t *part=NULL;

MPI_Comm *comm=NULL;

ParMETIS_V3_PartMeshKway(elmdist, eptr, eind, elmwgt, wgtflag, numflag, ncon, ncommonnodes, nparts, tpwgts, ubvec, options, edgecut, part, comm);

MPI_Finalize();
return 0;
}

Makefile у меня есть:

ParMETIS_INCLUDES = ${cpp_libraries}/parmetis/include
METIS_INCLUDES = ${cpp_libraries}/metis/include

INCLUDES = -I${ParMETIS_INCLUDES} -I${METIS_INCLUDES}
LFLAGS =  -L${ParMETIS_INCLUDES} -L${METIS_INCLUDES}

CC = mpic++

parmetis_try: parmetis_try.cpp
${CC}  -Wall -g $(INCLUDES) -o parmetis_try.out parmetis_try.cpp $(LFLAGS)

clean:
rm *.o *.out *~

Если я наберу make в командной строке отобразится следующее сообщение об ошибке:

mpic++  -Wall -g -I/l/yangsong/Library/parmetis/include -I/l/yangsong/Library/metis/include -o parmetis_try.out parmetis_try.cpp -L/l/yangsong/Library/parmetis/include -L/l/yangsong/Library/metis/include
/tmp/ccmrGrI2.o: In function `main':
/l/yangsong/Simulation/VTURP/depreciated/parmetis_try/parmetis_try.cpp:85: undefined reference to `ParMETIS_V3_PartMeshKway'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [parmetis_try] Error 1

Сначала я подумал, что, возможно, я не установил parmetis успешно. Но если я закомментирую строку с ParMETIS_V3_PartMeshKway в .cpp файл, он будет успешно скомпилирован. Кроме того, если я наберу nm parmetis/lib/libparmetis.so | grep Kwa | grep Mes, это показывает:

000000000001b570 T libparmetis__CheckInputsPartMeshKway
0000000000013e80 T ParMETIS_V3_PartMeshKway

Поэтому я думаю, что parmetis успешно установлен. Любая мысль о том, почему я получаю это сообщение об ошибке?

1

Решение

я не эксперт в написании make-файлов, но я думаю, что ваша ошибка исходит из этого файла. Если я прав, вы забыли связать с metis. Кроме того, флаг -L дает библиотеке dir. Я полагаю, что lib par_metis не находится в папке include.

Я создаю make-файл самостоятельно с помощью metis, и он работает следующим образом:

all: metis

main.o: main.cpp
clang++ -Wall -I/usr/local/include -c main.cpp

metis: main.o
clang++ -Wall main.o -o metis -L/usr/local/lib -lmetis

Поскольку я не являюсь экспертом в make и их много источников ошибок, я предпочитаю CMake, а не makefiles. В этом сообщение Я привожу пример cmake. Должно быть легко заменить metis библиотекой parmetis.
Я надеюсь, что ответ поможет вам и удачи с метисом! 🙂

2

Другие решения

Других решений пока нет …

По вопросам рекламы [email protected]