Я пишу некоторые компоненты C ++ для моего пакета R, используя RcppEigen, и у меня возникают проблемы с использованием typedef в этом контексте. Следующий код не скомпилируется:
// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]
#include <RcppEigen.h>
using namespace Rcpp;
typedef Eigen::ArrayXd MapAr1;
// [[Rcpp::export]]
MapAr1 myFun(const MapAr1& x){
MapAr1 y = x;
y[0] = 0;
return y;
}
Вот ошибка:
==> Rcpp::compileAttributes()
* Updated src/RcppExports.cpp
* Updated R/RcppExports.R
==> devtools::document(roclets=c('rd', 'collate', 'namespace'))
Updating my_package documentation
Loading my_package
Re-compiling my_package
'/usr/lib64/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore \
--quiet CMD INSTALL '/my_path/my_package' \
--library='/tmp/RtmpgPjAdf/devtools_install_125071da0b53' --no-R --no-data \
--no-help --no-demo --no-inst --no-docs --no-exec --no-multiarch \
--no-test-load
* installing *source* package ‘my_package’ ...
g++ -m64 -I/usr/include/R -DNDEBUG -I/usr/local/include -I"/my_path/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.3/Rcpp/include" -I" /my_path/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.3/RcppEigen/include" -fpic -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
** libs
RcppExports.cpp:10:1: error: ‘MapAr1’ does not name a type
MapAr1 myFun(const MapAr1& x);
^
RcppExports.cpp: In function ‘SEXPREC* my_package_myFun(SEXP)’:
RcppExports.cpp:15:42: error: ISO C++ forbids declaration of ‘type name’ with no type [-fpermissive]
Rcpp::traits::input_parameter< const MapAr1& >::type x(xSEXP);
^
RcppExports.cpp:15:50: error: template argument 1 is invalid
Rcpp::traits::input_parameter< const MapAr1& >::type x(xSEXP);
^
RcppExports.cpp:15:58: error: expected initializer before ‘x’
Rcpp::traits::input_parameter< const MapAr1& >::type x(xSEXP);
^
RcppExports.cpp:16:40: error: ‘x’ was not declared in this scope
rcpp_result_gen = Rcpp::wrap(myFun(x));
^
RcppExports.cpp:16:41: error: ‘myFun’ was not declared in this scope
rcpp_result_gen = Rcpp::wrap(myFun(x));
^
make: *** [RcppExports.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘my_package’
* removing ‘/tmp/RtmpgPjAdf/devtools_install_125071da0b53/my_package’
Error: Command failed (1)
Execution halted
Exited with status 1.
Тот же код компилируется вне пакета. Поэтому я предполагаю, что что-то не копируется должным образом в файлы RcppExports. Я также заметил похожую проблему при попытке использовать пространство имен RcppEigen: using namespace RcppEigen;
не копируется
Есть идеи, как решить эту проблему, не изменяя вручную RcppExports?
Спасибо!
Вы делаете свою жизнь слишком сложной, настаивая на typedef
, Как только вы включите его в файл, и ваша функция подпись, это становится частью интерфейса и, следовательно, также должно быть в вашем RcppExports.cpp
, Таким образом, вы должны предоставить это «на один уровень выше».
Но для этого есть условие: вызвать файл pkgname_types.h
и это будет включено. Я создал простой пакет eigentest
и добавил файл eigentest_types.h
в src/
каталог:
#include <RcppEigen.h>
typedef Eigen::ArrayXd MapAr1;
а затем добавил его в свой фрагмент кода с
#include "eigentest_types.h"
вместо typedef
,
Это все, что вам нужно — просто замените eigentest
с вашим именем пакета.
Других решений пока нет …