Ошибка компиляции Cython с заголовочными файлами C

Поэтому я пытаюсь обернуть немного кода C с помощью Cython. Я прочитал читать прикладные уроки Cython по этому вопросу (1, 2), но в этих руководствах не говорится много о том, как скомпилировать код после того, как вы обернули его в Cython, и поэтому у меня есть ошибка, говорящая, что он не может найти мой C-код.

Во-первых, мой сценарий Cython («calcRMSD.pyx»):

import numpy as np
cimport numpy as np

cdef extern from "rsmd.h":
double rmsd(int n, double* x, double* y)

#rest of the code ommited

Код C, который я пытаюсь обернуть («rmsd.h»):

#include <string.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <math.h>

extern "C" {
// svd from lapack
void dgesvd_(char*,char*,int*,int*,double*,int*,double*,double*,int*,double*,
int*,double*,int*,int*);
}

double rmsd(int n, double* x, double* y)
{
//code omitted
}

Setup.py

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
from Cython.Build import cythonize
import numpy as npsetup(
ext_modules = cythonize([Extension("calcRMSD",
sources = ["calcRMSD.pyx"],
include_dirs = [np.get_include()],
libraries = ["dgesvd"]
#extra_compile_args = ["-I."],
#extra_link_args = ["-L./usr/lib/liblapack.dylib"]
)])

)

Моя ошибка:

calcRMSD.c:269:10: fatal error: 'rsmd.h' file not found
#include "rsmd.h"

Я прочитал этот поток переполнения стека
Использование Cython для связи Python с общей библиотекой

но после этого я получаю разные ошибки. Если я пытаюсь поместить rmsd.h в исходные тексты, он говорит, что не распознает тип файла.

Как связать пользовательский C (которому для компиляции нужны специальные опции связывания) с Cython?

Это выглядит несколько многообещающе, но я не уверен, как его использовать.

Пожалуйста помоги!