Организация 3D-узлов — Сравнить и / или сортировать

У меня есть огромный набор данных, состоящий из 3-х мерных узлов (i, j, k) которые образуют куб в пространстве. Каждый узел имеет x, y, z компонент для моделирования потока через куб. Мне нужно эффективно организовать эти узлы (большой набор данных) путем сравнения дельты x, y, а также z компоненты, так что разница машины ноль. Я сделал это отнимающим много времени способом, начиная с первого узла и проверяя все остальные до dx^2 + dy^2 + dz^2 = 0 но выполнение занимает слишком много времени (Большой O из N ^ 2). Есть ли более эффективный способ организации трехмерных узлов? Спасибо.