Общесистемная библиотека libxml2 не работает, компиляция из исходных кодов завершается неудачно в конфигурации

Я хочу скомпилировать набор физических симуляций Chroma на суперкомпьютере JUQUEEN, который является установкой IBM BlueGene / Q. Интерфейсы работают на RedHat Linux 6. Архитектура PowerPC 7 используется как на внешнем, так и на вычислительном узлах. Используемые ими процессоры отличаются, однако, у внешнего интерфейса есть IBM Power 740, вычислительные узлы — это чипы IBM Power A2. Использование компиляторов, таких как mpigcc а также mpig++ автоматически кросс-компиляция для вычислительных узлов.

Современные версии программ могут быть загружены в путь с помощью module, Есть зависимости от двух других библиотек, которые должны быть скомпилированы. Я сделал с qmp теперь. qdpxx также зависит от libxml2 и вот где я застрял:

chroma --- qdpxx --- qmp
\-- libxml2

На моей рабочей станции Fedora 24 я могу скомпилировать qdpxx просто отлично, используя общесистемную установку libxml2, Я только что установил пакеты RPM libxml2 а также libxml2-devel и не нужно было указывать какие-либо -with-libxml2=DIR аргументы qdpxx/configure,

На интерфейсе суперкомпьютера я получаю это:

+ ./configure --prefix=/homec/hbn28/hbn28e/local/ --host=powerpc64-bgq-linux --build=powerpc64-unknown-linux-gnu --enable-bgq-thread-binding --enable-openmp --enable-parallel-arch=parscalar --enable-precision=double --enable-parallel-io --enable-qdp-alignment=128 --with-qmp=/homec/hbn28/hbn28e/local/ 'CFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c99 -fopenmp --std=gnu99' 'CXXFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp' LDFLAGS= LIBS= CC=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpigcc CXX=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++
checking for C++ compiler default output file name... a.out
checking whether the C++ compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... yes
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ accepts -g... yes
checking for powerpc64-bgq-linux-ranlib... no
checking for ranlib... ranlib
configure: WARNING: using cross tools not prefixed with host triplet
checking for powerpc64-bgq-linux-ar... no
checking for ar... ar
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for powerpc64-bgq-linux-strip... no
checking for strip... strip
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking for style of include used by make... GNU
checking dependency style of /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++... gcc3
configure: Configuring QDP++ for Nd = 4
configure: Configuring QDP++ for Nc = 3
configure: Configuring QDP++ for Ns = 4
configure: Configuring QDP++ Alignment size=16
configure: Fallback to generic C routines if needed: yes
configure: Enabling BGQ Thread Binding
configure: Configuring for double precision
configure: Configuring QDP++ with cb2 layout
configure:  Parscalar build! Checking for QMP
checking for qmp-config... /homec/hbn28/hbn28e/local//bin/qmp-config
configure: Found QMP configuration program /homec/hbn28/hbn28e/local//bin/qmp-config
configure: QMP compile flags: -I/homec/hbn28/hbn28e/local/include
configure: QMP linking flags: -L/homec/hbn28/hbn28e/local/lib
configure: QMP libraries flags: -lqmp
checking if we can compile/link of a simple QMP C++ program... yes
Value of with_libxml2 is XX
checking for xml2-config... /usr/bin/xml2-config
configure: Found libxml2 configuration program
configure: libxml2 compile flags: -I/usr/include/libxml2
configure: libxml2 libraries flags: -lxml2 -lz -lm
checking if we can compile/link a simple libxml2 program... no
configure: error: Cannot compile/link a program with libxml2.
Use --with-libxml2=<dir> to select a working version.

В qdpxx/config.log, соответствующий раздел это здесь:

configure:4321: checking for xml2-config
configure:4339: found /usr/bin/xml2-config
configure:4351: result: /usr/bin/xml2-config
configure:4370: Found libxml2 configuration program
configure:4374: libxml2 compile flags: -I/usr/include/libxml2
configure:4378: libxml2 libraries flags: -lxml2 -lz -lm
configure:4386: checking if we can compile/link a simple libxml2 program
configure:4434: /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ -o conftest -O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp -I/usr/include/libxml2    conftest.cpp  -lxml2 -lz -lm >&5
conftest.cpp: In function 'int main()':
conftest.cpp:30:16: warning: deprecated conversion from string constant to 'char*' [-Wwrite-strings]
char *docname="foo";
^
conftest.cpp:28:13: warning: unused variable 'argc' [-Wunused-variable]
int argc ; char **argv ;
^
conftest.cpp:28:27: warning: unused variable 'argv' [-Wunused-variable]
int argc ; char **argv ;
^
conftest.cpp:29:19: warning: variable 'doc' set but not used [-Wunused-but-set-variable]
xmlDocPtr doc;
^
/usr/local/bg_soft/gcc/4.9.3/bin/../lib/gcc/powerpc64-bgq-linux/4.9.3/../../../../powerpc64-bgq-linux/bin/ld: cannot find -lxml2
/usr/local/bg_soft/gcc/4.9.3/bin/../lib/gcc/powerpc64-bgq-linux/4.9.3/../../../../powerpc64-bgq-linux/bin/ld: cannot find -lz
collect2: error: ld returned 1 exit status
configure:4441: $? = 1
configure: failed program was:
| /* confdefs.h.  */
| #define PACKAGE_NAME "qdp++"| #define PACKAGE_TARNAME "qdp--"| #define PACKAGE_VERSION "1.44.0"| #define PACKAGE_STRING "qdp++ 1.44.0"| #define PACKAGE_BUGREPORT "[email protected]"| #define PACKAGE "qdp--"| #define VERSION "1.44.0"| #define QDP_ND 4
| #define QDP_NC 3
| #define QDP_NS 4
| #define QDP_AC_ALIGNMENT_SIZE 16
| #define QDP_USE_GENERIC_OPTS 1
| #define QDP_USE_BLUEGENEL 1
| #define BASE_PRECISION 64
| #define QDP_USE_CB2_LAYOUT 1
| #define ARCH_PARSCALAR 1
| #define QDP_USE_LIBXML2 1
| /* end confdefs.h.  */
|
|         #include <libxml/xmlmemory.h>
|       #include <libxml/parser.h>
|
| int
| main ()
| {
|
|         int argc ; char **argv ;
|         xmlDocPtr doc;
|       char *docname="foo";
|       doc = xmlParseFile(docname);
|          ;
|          ;
|
|   ;
|   return 0;
| }
configure:4483: result: no
configure:4486: error: Cannot compile/link a program with libxml2.
Use --with-libxml2=<dir> to select a working version.

cannot find -lxml2 звучит как нет /usr/lib/libxml2.so, И действительно, там нет ни одного. Бег locate libxml дает следующие интересные строки:

/usr/include/libxml2/libxml/xpath.h
...
/usr/include/libxml2/libxml/xpointer.h
/usr/lib/libxml2.so.2
/usr/lib/libxml2.so.2.7.6
/usr/lib64/libxml2.so
/usr/lib64/libxml2.so.2
/usr/lib64/libxml2.so.2.7.6

По-видимому, 32-разрядная версия имеет странное так называемое имя, и только 64-разрядная версия имеет обычное имя. Пытаюсь добавить -L/usr/lib64 Оказалось, сломать другие вещи:

+ ./configure --prefix=/homec/hbn28/hbn28e/local/ --host=powerpc64-bgq-linux --build=powerpc64-unknown-linux-gnu --enable-bgq-thread-binding --enable-openmp --enable-parallel-arch=parscalar --enable-precision=double --enable-parallel-io --enable-qdp-alignment=128 --with-qmp=/homec/hbn28/hbn28e/local/ 'CFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c99 -fopenmp --std=gnu99' 'CXXFLAGS=-O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp' LDFLAGS=-L/usr/lib64/ LIBS= CC=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpigcc CXX=/bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++
checking for C++ compiler default output file name...
configure: error: in `/homec/hbn28/hbn28e/qdpxx':
configure: error: C++ compiler cannot create executables
See `config.log' for more details.

В файле журнала говорится следующее:

configure:2159: /bgsys/local/gcc/4.9.3/bin/mpig++ -O2 -finline-limit=50000 -I/usr/local/bg_soft/mpich3/include -Wall -Wpedantic -fdiagnostics-color=auto --std=c++11 -fopenmp  -L/usr/lib64/ conftest.cpp  >&5
/usr/local/bg_soft/gcc/4.9.3/bin/../lib/gcc/powerpc64-bgq-linux/4.9.3/../../../../powerpc64-bgq-linux/lib/crt1.o: In function `_start_no_magic':
(.text+0x58): undefined reference to `__libc_no_magic_start_main'
/bgsys/local/gcc/4.9.3/powerpc64-bgq-linux/lib/libdl.so.2: undefined reference to `_dl_addr_range@GLIBC_PRIVATE'
collect2: error: ld returned 1 exit status
configure:2163: $? = 1
configure:2201: result:
configure: failed program was:
| /* confdefs.h.  */
| #define PACKAGE_NAME "qdp++"| #define PACKAGE_TARNAME "qdp--"| #define PACKAGE_VERSION "1.44.0"| #define PACKAGE_STRING "qdp++ 1.44.0"| #define PACKAGE_BUGREPORT "[email protected]"| /* end confdefs.h.  */
|
| int
| main ()
| {
|
|   ;
|   return 0;
| }
configure:2207: error: in `/homec/hbn28/hbn28e/qdpxx':
configure:2210: error: C++ compiler cannot create executables

Кажется, что я только что отбросил все другие пути, где могут находиться библиотеки, так что больше ничего не строится.

Попытка создать символическую ссылку из /usr/lib/libxml2.so.2 в $HOME/libxml2.so и добавление -L$HOME тоже не сработало.

На этом этапе я прекратил установку всей системы и попытался установить libxml2 из хранилища Git. Итак, я клонировал репозиторий и набрал ./autogen.sh, Это не удалось сказать:

Checking zlib
./configure: line 12546: syntax error near unexpected token `Z,zlib,'
./configure: line 12546: `    PKG_CHECK_MODULES(Z,zlib,'

Автоинструменты там утверждают, что это версия 2.69. Это та же версия, установленная на кластере университета (где он также не работает). На моей рабочей станции Fedora 24 установлена ​​та же версия, но ./autogen.sh просто пробегает и создает Makefile,

---

Я немного растерялся сейчас. Есть ли ошибка в скрипте сборки libxml2 если это не удается на ppc64 RedHat, а также на amd64 Университетский кластер Debian, но не мой x86_64 Ноутбук Fedora?

Как я мог получить configure сценарий qdpxx использовать общесистемную установку libxml2? Он уже извлекает правильные флаги, используя xml2-config:

configure: libxml2 compile flags: -I/usr/include/libxml2
configure: libxml2 libraries flags: -lxml2 -lz -lm

Что я могу сделать для дальнейшей компиляции моей программы?