Изначально это показалось мне простой задачей, но я не могу заставить работать следующее. Я пытаюсь заключить фортрановую подпрограмму в вызов Rcpp, чтобы функция была доступна в R для использования. Цель состоит в том, чтобы включить функцию в пакет, поэтому идея использования dyn.load () для конкретного файла * .so неосуществима (если кто-то не может показать мне, как?). Прочитав похожие посты, я подозреваю, что указание флагов в файле makevars может решить проблему, но предоставленная информация очень краткая. Вот и некоторые разъяснения будут искренне оценены.
Я сделал следующее настолько близко к документации, насколько мог.
Rcpp.package.skeleton
.Call
для пользователя и позволяют выполнять другие внутренние вычисления до .Call
)Однако, когда я пытаюсь собрать свой пакет (с помощью RStudio), я получаю следующее сообщение об ошибке:
==> R CMD INSTALL --no-multiarch --with-keep.source fortran
g++ -shared -o fortran.so RcppExports.o hello.o hello.o rcpp_hello_world.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR
* installing to library ‘/home/.../R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
* installing *source* package ‘fortran’ ...
** libs
hello.o: In function `hello_wrapper':
/home/.../r_code/fortran/src/hello.cpp:16: multiple definition of `hello_wrapper'
hello.o:/home/.../r_code/fortran/src/hello.cpp:16: first defined here
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [fortran.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘fortran’
* removing ‘/home/.../R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/fortran’
Exited with status 1.
Мои файлы следующие:
hello.f
subroutine hello()
print *, "hello world"end subroutine hello
hello.h
extern "C"{
void hello();
}
hello.cpp
#include <R.h>
#include <Rinternals.h>
#include <Rdefines.h>
#include "hello.h"
#ifdef __cplusplus
extern "C"{
SEXP hello_wrapper();
}
#endif
SEXP
hello_wrapper ()
{
hello();
}
wrapper.R
hello_r <- function(){
.Call("hello_wrapper");
}
Я считаю, что проблема так же проста, как если бы R был недоволен, когда вы включаете несколько файлов с именем name с разными расширениями. Попробуйте переименовать hello.f
в hello_fortran.f
и идти оттуда.
Я думаю, что это может сработать, если вы удалите
#ifdef __cplusplus
extern "C"{
SEXP hello_wrapper();
}
#endif
часть. Также посмотрите на виньетку Атрибутов Rcpp — вам не нужно писать wrapper.R
рукой.
Функции RCPP и .Fortran
оба не могут существовать одновременно.
Только не включайте функции Фортрана в src/RcppExports.cpp
,