C++ - Невозможно скомпилировать xps после установки ROOT, отсутствуют библиотеки

Я пытаюсь установить XPS в R, и установил ROOT из ЦЕРН.

во время компиляции я получаю:

TMLMath.cxx: 51: 19: фатальная ошибка: TMath.h: такого файла или каталога нет

#include "TMath.h" ^
компиляция прекращена.
make: *** [TMLMath.o] Ошибка 1
ОШИБКА: ошибка компиляции для пакета "xps"

Я попытался добавить этот файл вручную, затем потребовался другой файл, затем еще один, … пока в ошибке не были просто пропущены файлы, но все было переопределено (см. заметки здесь) и снова скомпилировать не удалось.

Мои детали ROOT:

Версия 5.34 / 14 16 декабря 2013 г.
ROOT 5.34 / 14 (head / v5-34-00-patches @ v5-34-13-131-gd110ad3, 07 января 2014 г., 00:12:00 на linuxx8664gcc)

CINT / ROOT C / C ++ Версия переводчика 5.18.00, 2 июля 2010 г.

где корень
root: / usr / bin / root /usr/bin/root.exe / etc / root / usr / bin / X11 / root /usr/bin/X11/root.exe / usr / include / root / usr / share / root /usr/share/man/man1/root.1.gz

Я пытался make uninstall на только что загруженной версии root и, возможно, неприятно, что он ничего не сделал (я удалил папку, которую я изначально makeг)

Я предполагаю, что, возможно, версия ROOT, которую я имею, пропускает некоторые из них, потому что xps опирается на более старую версию ROOT? Однако в руководстве приведена очень недавняя дата, так что это не так, как пренебрегаемое программное обеспечение (если я правильно понимаю) …

ROOT установлен нормально, и все предпосылки я смог найти были установлены:

sudo apt-get установить build-essential dpkg-dev make g ++ gcc binutils libx11-dev libxpm-dev libxft-dev libxext-dev gfortran libssl-dev libpcre3-dev libglu1-mesa-dev libglew-dev libftgl-dev libmysqlclient-dev libfftw3 dev libcfitsio3-dev graphviz-dev libavahi-compat-libdnssd-dev libldap2-dev python-dev libxml2-dev libkrb5-dev libgsl0-dev libqt4-dev xfs xfstt t1-xfree86-несвободный ttf-xfree86-несвободный free-tf86 syriac xfonts-75dpi xfonts-100dpi

Буду признателен за любую помощь, пожалуйста, дайте мне знать, если я должен предоставить более подробную информацию о моей системе.

Полный выход из установки Bioconductor:

> biocLite ('xps')
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Использование Bioconductor версии 3.0 (BiocInstaller 1.16.1), версия R 3.1.2.
Установка пакета (ов) 'xps'
пробуя URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/xps_1.26.0.tar.gz'
Тип контента 'application / x-gzip' длина 6669399 байт (6,4 Мб)
открытый URL
==================================================
скачал 6,4 Мб

* установка * исходного * пакета "xps" ...
проверка на gcc ... gcc -std = gnu99
проверка имени выходного файла компилятора C по умолчанию ... a.out
проверка работоспособности компилятора C ... да
проверяем, кросс-компилируем ли мы ... нет
проверка суффикса исполняемых файлов ...
проверка суффикса объектных файлов ... o
проверяем, используем ли мы компилятор GNU C ... да
проверка, принимает ли gcc -std = gnu99 -g ... да
проверка опции gcc -std = gnu99 для принятия ANSI C ... ничего не нужно
проверка того, как запустить препроцессор C ... gcc -std = gnu99 -E
проверка на gcc ... (кэшируется) gcc -std = gnu99
проверяем, используем ли мы компилятор GNU C ... (кэшировано) да
проверка, принимает ли gcc -std = gnu99 -g ... (кэшировано) да
проверка на наличие опции gcc -std = gnu99 для принятия ANSI C ... (кэшировано), не требуется
нашел ROOT версии 5.34 / 14 в каталоге / usr
** libs
** арка -
g ++ -I / usr // include -O2 -Wall -fPIC -pthread -m64 -I / usr / include / root -c TMLMath.cxx
TMLMath.cxx: 51: 19: фатальная ошибка: TMath.h: такого файла или каталога нет
#include "TMath.h" ^
компиляция прекращена.
make: *** [TMLMath.o] Ошибка 1
ОШИБКА: ошибка компиляции для пакета "xps"
* удаление ho /home/louis/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xps ’

Загруженные исходные пакеты находятся в
«/ TMP / RtmpZVOlbW / downloaded_packages»
Предупреждающее сообщение:
В install.packages (pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...):
установка пакета "xps" имела ненулевой статус выхода

Редактировать: Я следил за изменениями ROOTSYS перед запуском R:

export ROOTSYS = / usr /
экспорт "PATH = $ ROOTSYS / bin: $ PATH"

Я изначально использовал ROOTSYS=/usr/include/root, где я нахожу программу с whereis root, Это дает другую ошибку, однако — /usr/bin/root/include not a directory, Следовательно, используя ROOTSYS=/usr …

> источник ("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Биокондуктор версии 3.0 (BiocInstaller 1.16.1),? BiocLite за помощь
> biocLite ('xps')
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Использование Bioconductor версии 3.0 (BiocInstaller 1.16.1), версия R 3.1.2.
Установка пакета (ов) 'xps'
пробуя URL 'http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc/src/contrib/xps_1.26.0.tar.gz'
Тип контента 'application / x-gzip' длина 6669399 байт (6,4 Мб)
открытый URL
==================================================
скачал 6,4 Мб

* установка * исходного * пакета "xps" ...
проверка на gcc ... gcc -std = gnu99
проверка имени выходного файла компилятора C по умолчанию ... a.out
проверка работоспособности компилятора C ... да
проверяем, кросс-компилируем ли мы ... нет
проверка суффикса исполняемых файлов ...
проверка суффикса объектных файлов ... o
проверяем, используем ли мы компилятор GNU C ... да
проверка, принимает ли gcc -std = gnu99 -g ... да
проверка опции gcc -std = gnu99 для принятия ANSI C ... ничего не нужно
проверка того, как запустить препроцессор C ... gcc -std = gnu99 -E
проверка на gcc ... (кэшируется) gcc -std = gnu99
проверяем, используем ли мы компилятор GNU C ... (кэшировано) да
проверка, принимает ли gcc -std = gnu99 -g ... (кэшировано) да
проверка на наличие опции gcc -std = gnu99 для принятия ANSI C ... (кэшировано), не требуется
нашел ROOT версии 5.34 / 14 в каталоге / usr
** libs
** арка -
g ++ -I / usr / bin / root / include -O2 -Wall -fPIC -pthread -m64 -I / usr / include / root -c TMLMath.cxx
cc1plus: ошибка: / usr / bin / root / include: не каталог
make: *** [TMLMath.o] Ошибка 1
ОШИБКА: ошибка компиляции для пакета "xps"
* удаление ho /home/louis/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/xps ’

Загруженные исходные пакеты находятся в
«/ TMP / Rtmpc9EO9W / downloaded_packages»
Предупреждающие сообщения:
1: В пакетах install.packages (pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...):
установка пакета "xps" имела ненулевой статус выхода
2: установленный каталог недоступен для записи, не может обновить пакеты 'maptools'

bioconductor c++g++gcc r

Решение

Как указано в комментариях выше, ROOT был установлен неправильно — мне просто связался кто-то с той же проблемой, думая, что она не решена (я оставил примечания по решению Вот а не по этому вопросу). Я знаю С.О. Политика заключается в том, чтобы включать исправление, а не ссылку, поэтому я вставляю его ниже разделителя следующего раздела. В предположении я бы сказал, что совет, данный для использования v5.34.24, а не для производства, все еще должен применяться (возможно, он будет где-то указан, или кто-то может снова связаться с сопровождающим). [Я вынул раздел о ручном исправлении, которое не работало]

Предпосылки

(С помощью Блог Елены Граверини)

Предпосылки:

sudo apt-get install build-essential git subversion dpkg-dev make g++ gcc binutils libx11-dev libxpm-dev libxft-dev libxext-dev

Необязательные (рекомендуемые) предпосылки:

sudo apt-get install gfortran libssl-dev libpcre3-dev libglu1-mesa-dev libglew-dev libftgl-dev libmysqlclient-dev libfftw3-dev libcfitsio3-dev graphviz-dev libavahi-compat-libdnssd-dev libldap2-dev python-dev libxml2-dev libkrb5-dev libgsl0-dev libqt4-dev

Установите сервер шрифтов и шрифты для ROOT:

sudo apt-get установить xfs xfstt
sudo apt-get установить t1-xfree86-несвободный ttf-xfree86-несвободный ttf-xfree86-несвободный-сирийский xfonts-75dpi xfonts-100dpi

Монтаж

~~Найти профессиональный (производственный) номер версии на root.cern.ch~~
- Разработчик xps рекомендует 5.34.24 по состоянию на 4 февраля 2015 г.
Получить source.tar.gz файл в ftp://root.cern.ch/root/root_v5.34.24.source.tar.gz
Не устанавливать в /usr/ каталог (xps совет разработчика по электронной почте), как предлагают многие доступные руководства

gzip -dc root_v5.34.24.source.tar.gz | tar -xf -
Mv root ~
cd ~ / root
./configure --all
сделать -j N

где N — количество ядер процессора на вашей машине (cat /proc/cpuinfo | grep 'cpu cores')

Для Ubuntu 14.04 запустите:
sudo mkdir /usr/include/freetype && sudo cp /usr/include/freetype2/freetype.h /usr/include/freetype/freetype.h
- Если вы деинсталлируете, не забудьте вынуть это тоже

Удаление версии ROOT для Ubuntu разрешает `ld` ошибки в `make`

sudo apt-get purge root-system root-system-bin root-system-common
export ROOTSYS=/home/louis/root

Перезапуск make с конфигом как ./configure --prefix=/home/louis/ работает

Я думаю, что флаг префикса эквивалентен установке ROOTSYS переменная перед make (Я использовал несколько направляющих и забыл установить его, но он работал независимо)
Установка CERN ROOT со страницы источника отмечает, что make install это «NOOP«… но он не установлен, если вы не запустите это после makeтак или иначе сделай это

Последний шаг — добавить $ ROOTSYS / bin в PATH — добавить source ~/bin/thisroot.sh на ваш ~/.bashrc (при условии, что ваш .bashrc уже получен в новых терминалах)

Для меня, ROOTSYS сейчас установлен в снарядах. Xps README предлагает вам установить его, но PATH нет, поэтому я добавил следующее в мой .bashrc:

экспорт PATH = $ ROOTSYS / bin: $ PATH
экспорт LD_LIBRARY_PATH = $ ROOTSYS / lib: $ LD_LIBRARY_PATH

ROOT должен быть в рабочем состоянии и способен компилировать xps…

По какой-то причине LD_LIBRARY_PATH не устанавливается, а PATH …? .bashrc в остальном все работает как положено

cd $ ROOTSYS / tutorials`
корень
root [0] .x demos.C

Если ошибки не появляются, ROOT работает.

Установка `xps`

Я ожидаю, что biocLite (‘xps’) потерпит неудачу, так как двоичный файл был создан с ROOT v.5.34.05 … но сопровождающий рекомендовал v5.34.24, так что попробуйте все равно:

источник ( "http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite ( "РФЭС")

и это работает 🙂

Также возможно скачать с источника и обойти Bioconductor, запустив R CMD INSTALL xps_1.26.0.tar.gz
RootTalk Дискуссионные форумы (включая ROOT Поддержка Форум): https://root.cern.ch/phpBB3/

Другие решения

Источник

Невозможно скомпилировать xps после установки ROOT, отсутствуют библиотеки