NetBeans и хранилище

Я занимаюсь разработкой проекта C ++ в Netbeans. Мой проект сейчас хранится в репозитории, но в эти дни я работаю на разных компьютерных станциях.
Один имеет старую 32-битную архитектуру, а другой — 64-битную.

Makefile для станций разные! Как я могу реализовать проект NetBeans, который не зависит от архитектуры ПК? Если я хочу использовать свой проект на третьей станции, я не хочу беспокоиться о проблемах компьютерной архитектуры.
Спасибо вам большое!