Я изучаю MPI одностороннюю связь, представленную в MPI-2 / MPI-3, и наткнулся на это страница онлайн курса около MPI_Accumulate
:
MPI_Accumulate позволяет вызывающей стороне объединять данные, перемещенные в
целевой процесс с уже имеющимися данными, такими как накопление
сумма в целевом процессе. Та же функциональность может быть достигнута
использование MPI_Get для извлечения данных (с последующей синхронизацией);
выполнение операции суммирования у вызывающей стороны; затем используя MPI_Put для отправки
обновленные данные возвращаются к целевому процессу. Накопить упрощает
эта грязь …
Но есть только ограниченное количество операций, которые разрешено использовать с MPI_Accumulate
(max, min, sum, product и т. д.) и пользовательские операции запрещены. Мне было интересно, как реализовать вышеупомянутое беспорядочности, с помощью MPI_Get
, синхронизация, операции и MPI_Put
, Существуют ли учебники или примеры рабочего кода на C / C ++?
Спасибо
Для того, чтобы проверить, я адаптировал кусок кода из этого ТАК вопрос, в котором односторонняя связь используется для создания целочисленного счетчика, который синхронизируется между процессами MPI. Целевая проблемная строка с использованием MPI_Accumulate
помечен.
Код компилируется как есть и возвращается примерно через 15 секунд. Но когда я попытался заменить MPI_Accumulate
с эквивалентной последовательностью основных операций, как показано в блоке комментариев сразу после проблемной строки, скомпилированная программа зависает на неопределенное время.
Может кто-нибудь, пожалуйста, помогите объяснить, что пошло не так, и
какой правильный способ заменить MPI_Accumulate
в данном контексте?
Постскриптум Я скомпилировал код с
g++ -std=c++11 -I.. mpistest.cpp -lmpi
и выполнил двоичный файл с
mpiexec -n 4 a.exe
Код:
//adpated from https://stackoverflow.com/questions/4948788/
#include <mpi.h>
#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <thread>
#include <chrono>
struct mpi_counter_t {
MPI_Win win;
int hostrank; //id of the process that host values to be exposed to all processes
int rank; //process id
int size; //number of processes
int val;
int *hostvals;
};
struct mpi_counter_t *create_counter(int hostrank) {
struct mpi_counter_t *count;
count = (struct mpi_counter_t *)malloc(sizeof(struct mpi_counter_t));
count->hostrank = hostrank;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &(count->rank));
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &(count->size));
if (count->rank == hostrank) {
MPI_Alloc_mem(count->size * sizeof(int), MPI_INFO_NULL, &(count->hostvals));
for (int i=0; i<count->size; i++) count->hostvals[i] = 0;
MPI_Win_create(count->hostvals, count->size * sizeof(int), sizeof(int),
MPI_INFO_NULL, MPI_COMM_WORLD, &(count->win));
}
else {
count->hostvals = NULL;
MPI_Win_create(count->hostvals, 0, 1,
MPI_INFO_NULL, MPI_COMM_WORLD, &(count->win));
}
count -> val = 0;
return count;
}
int increment_counter(struct mpi_counter_t *count, int increment) {
int *vals = (int *)malloc( count->size * sizeof(int) );
int val;
MPI_Win_lock(MPI_LOCK_EXCLUSIVE, count->hostrank, 0, count->win);
for (int i=0; i<count->size; i++) {
if (i == count->rank) {
MPI_Accumulate(&increment, 1, MPI_INT, 0, i, 1, MPI_INT, MPI_SUM,count->win); //Problem line: increment hostvals[i] on host
/* //Question: How to correctly replace the above MPI_Accumulate call with the following sequence? Currently, the following causes the program to hang.
MPI_Get(&vals[i], 1, MPI_INT, 0, i, 1, MPI_INT, count->win);
MPI_Win_fence(0,count->win);
vals[i] += increment;
MPI_Put(&vals[i], 1, MPI_INT, 0, i, 1, MPI_INT, count->win);
MPI_Win_fence(0,count->win);
//*/
} else {
MPI_Get(&vals[i], 1, MPI_INT, 0, i, 1, MPI_INT, count->win);
}
}
MPI_Win_unlock(0, count->win);
//do op part of MPI_Accumulate's work on count->rank
count->val += increment;
vals[count->rank] = count->val;
//return the sum of vals
val = 0;
for (int i=0; i<count->size; i++)
val += vals[i];
free(vals);
return val;
}
void delete_counter(struct mpi_counter_t **count) {
if ((*count)->rank == (*count)->hostrank) {
MPI_Free_mem((*count)->hostvals);
}
MPI_Win_free(&((*count)->win));
free((*count));
*count = NULL;
return;
}
void print_counter(struct mpi_counter_t *count) {
if (count->rank == count->hostrank) {
for (int i=0; i<count->size; i++) {
printf("%2d ", count->hostvals[i]);
}
puts("");
}
}int main(int argc, char **argv) {
MPI_Init(&argc, &argv);
const int WORKITEMS=50;
struct mpi_counter_t *c;
int rank;
int result = 0;
c = create_counter(0);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
srand(rank);
while (result < WORKITEMS) {
result = increment_counter(c, 1);
if (result <= WORKITEMS) {
printf("%d working on item %d...\n", rank, result);
std::this_thread::sleep_for (std::chrono::seconds(rand()%2));
} else {
printf("%d done\n", rank);
}
}
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
print_counter(c);
delete_counter(&c);MPI_Finalize();
return 0;
}
Еще один вопрос, я должен использовать MPI_Win_fence
здесь вместо замков?
—РЕДАКТИРОВАТЬ—
Я использовал блокировку / разблокировку в increment_counter
следующим образом, программа работает, но ведет себя странно. В окончательной распечатке главный узел выполняет всю работу. Все еще в замешательстве.
int increment_counter(struct mpi_counter_t *count, int increment) {
int *vals = (int *)malloc( count->size * sizeof(int) );
int val;
MPI_Win_lock(MPI_LOCK_EXCLUSIVE, count->hostrank, 0, count->win);
for (int i=0; i<count->size; i++) {
if (i == count->rank) {
//MPI_Accumulate(&increment, 1, MPI_INT, 0, i, 1, MPI_INT, MPI_SUM,count->win); //Problem line: increment hostvals[i] on host
///* //Question: How to correctly replace the above MPI_Accumulate call with the following sequence? reports that 0 does all the work
MPI_Get(&vals[i], 1, MPI_INT, 0, i, 1, MPI_INT, count->win);
MPI_Win_unlock(0, count->win);
vals[i] += increment;
MPI_Put(&vals[i], 1, MPI_INT, 0, i, 1, MPI_INT, count->win);
MPI_Win_lock(MPI_LOCK_EXCLUSIVE, count->hostrank, 0, count->win);
//*/
} else {
MPI_Get(&vals[i], 1, MPI_INT, 0, i, 1, MPI_INT, count->win);
}
}
MPI_Win_unlock(0, count->win);
//do op part of MPI_Accumulate's work on count->rank
count->val += increment;
vals[count->rank] = count->val;
//return the sum of vals
val = 0;
for (int i=0; i<count->size; i++)
val += vals[i];
free(vals);
return val;
}
Реализация Accumulate with Gets and Puts действительно будет очень грязной, особенно когда вам приходится иметь дело с производными типами данных и тому подобным. Но если предположить, что вы накапливаете одно целое число и хотите просто суммировать локальное значение в удаленном буфере, вы можете сделать следующее (только псевдокод):
MPI_Win_lock(EXCLUSIVE); /* exclusive needed for accumulate atomicity constraints */
MPI_Get(&remote_data);
MPI_Win_flush(win); /* make sure GET has completed */
new = local_data + remote_data;
MPI_Put(&new);
MPI_Win_unlock();
Ваш код неверен, потому что вы отказываетесь от монопольной блокировки после GET, что вызывает проблемы атомарности, когда два процесса пытаются суммировать данные одновременно.