Я очень новичок в Rcpp или, более конкретно, в RcppEigen, и борюсь с тем, как использовать RcppEigen для компиляции функции C ++. Вот код C ++, в котором могут существовать некоторые проблемы.
#include <RcppEigen.h>
#include <string>
using namespace Eigen;
using namespace Rcpp;
double MatOp(const Map<MatrixXd> X, Map<MatrixXd> Y)
{
int n=X.rows();
int p=X.cols();
//int nY=Y.cols();
MatrixXd I(n,n);
I.setIdentity(n,n);
double SSE=(Y.transpose()*(I-X*(X.transpose()*X).inverse()*X.transpose())*Y).determinant();
return (n*log(SSE/n)+log(n)*p);
}
А вот код R,
> getwd()
[1] "C:/Users/LJH/Documents"> RcppEigen.package.skeleton("PfCRT")
> RCppEigen_IcPf_R <- function(X,Y) {
+ .Call('TestInRcppEigen',X,Y,PACKAGE = 'PfCRT')
+ }
>
> prompt(RCppEigen_IcPf_R)
.Rcheck
файл есть,
* installing *source* package 'PfCRT' ...
** libs
*** arch - i386
cygwin warning:
MS-DOS style path detected: C:/R/R-31~1.1/etc/i386/Makeconf
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/R/R-31~1.1/etc/i386/Makeconf
CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames
g++ -m32 -I"C:/R/R-31~1.1/include" -DNDEBUG -I"C:/Users/LJH/Documents/R/win-library/3.1/Rcpp/include" -I"C:/Users/LJH/Documents/R/win-library/3.1/RcppEigen/include" -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include" -O2 -Wall -mtune=core2 -c TestInRcppEigen.cpp -o TestInRcppEigen.o
g++ -m32 -shared -s -static-libgcc -o PfCRT.dll tmp.def TestInRcppEigen.o -Ld:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/lib/i386 -Ld:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/lib -LC:/R/R-31~1.1/bin/i386 -lR
cygwin warning:
MS-DOS style path detected: C:/R/R-31~1.1/etc/i386/Makeconf
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/R/R-31~1.1/etc/i386/Makeconf
CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames
installing to C:/Users/LJH/Documents/PfCRT.Rcheck/PfCRT/libs/i386
*** arch - x64
cygwin warning:
MS-DOS style path detected: C:/R/R-31~1.1/etc/x64/Makeconf
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/R/R-31~1.1/etc/x64/Makeconf
CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames
g++ -m64 -I"C:/R/R-31~1.1/include" -DNDEBUG -I"C:/Users/LJH/Documents/R/win-library/3.1/Rcpp/include" -I"C:/Users/LJH/Documents/R/win-library/3.1/RcppEigen/include" -I"d:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/include" -O2 -Wall -mtune=core2 -c TestInRcppEigen.cpp -o TestInRcppEigen.o
g++ -m64 -shared -s -static-libgcc -o PfCRT.dll tmp.def TestInRcppEigen.o -Ld:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/lib/x64 -Ld:/RCompile/CRANpkg/extralibs64/local/lib -LC:/R/R-31~1.1/bin/x64 -lR
cygwin warning:
MS-DOS style path detected: C:/R/R-31~1.1/etc/x64/Makeconf
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/R/R-31~1.1/etc/x64/Makeconf
CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames
installing to C:/Users/LJH/Documents/PfCRT.Rcheck/PfCRT/libs/x64
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
*** arch - i386
*** arch - x64
* DONE (PfCRT)
Тогда я делаю это,
> library(PfCRT)
> X1 <- matrix(c(1,1,0,0,1,1,0,0,1,1,0,0,1,1,0,0,1,1,0,0,1,0,2,0,1,0,2,0,1,0,2,0,1,0,2,0,1,
+ 0,2,0,1,0,0,3,1,0,0,3,1,0,0,3,1,0,0,3,1,0,0,3,1,0,0,3,1,0,0,3,1,0,0,3,1,0,
+ 0,3,1,0,0,3.01),20,4,byrow=TRUE)
> Y <- matrix(c(50,51,52,54,53,60,59,65,67,70,70,73,74,78,82,80,87,84,88,92),20,1)
>
> RCppEigen_IcPf_R(X1,Y)
Error in .Call("TestInRcppEigen", X, Y, PACKAGE = "PfCRT") :
"TestInRcppEigen" not available for .Call() for package "PfCRT"
Произошла ошибка, поэтому я думаю, что-то не так в double MatOp(const Map<MatrixXd> X, Map<MatrixXd> Y)
функция в C ++. Любая помощь будет очень признательна.
Ваша функция C ++ называется «MatOp»:
double MatOp(const Map<MatrixXd> X, Map<MatrixXd> Y)
но вместо этого вы вызываете «TestInRcppEigen»:
.Call('TestInRcppEigen',X,Y,PACKAGE = 'PfCRT')
который получает ошибку
Error in .Call("TestInRcppEigen", X, Y, PACKAGE = "PfCRT") :
"TestInRcppEigen" not available for .Call() for package "PfCRT"
что правильно: вы не предоставили TestInRcppEigen
,
Либо предоставить TestInRcppEigen
(переименовав в него MatOp) или позвонив MatOp
,
Ничто из этого не имеет ничего общего с RcppEigen, вы просто теряетесь в путях вызова C ++ из R. Посмотрите на виньетку Rcpp Attributes — это действительно может помочь и упростить.