как обрабатывать входные выходные данные с прерыванием

Я начал изучать многопоточную систему с использованием RL-ARM RTX с микроконтроллером at91sam7.
Я должен получить входные данные (как команда + данные) с прерыванием

 ______________________________________
| cmd | Data_len |     ...data...      |
----------------------------------------

длина cmd: 2bytes
Длина data_len: 2 байта
длина данных: Data_len байт

И я должен отправить ответное сообщение (длиной от 0 до N байт) каждой команде с одним и тем же портом USART.
На данный момент я получаю каждый входной байт, один за другим с прерыванием и помещаю байты в буфер.
Какой самый лучший способ обрабатывать как входные, так и ответные сообщения без потери байтов а также не убивает процессорное время, во время ожидания в обработчике прерываний для передачи данных?