Как я могу разделить сигналы данных в буфере?

Вы используете i индексировать YVectorRight, но вы шагаете вверх i с 2 на каждую итерацию, так что вы пропустите каждый второй индекс.

То есть у вас есть опечатка

for ( int i = 0, j = 0; i < countSamples ; ++j) {
YVectorRight[j] =Samples[i++];
//                ^^
//              use j here, not i
YVectorLeft[j] = Samples[i++];
}