Как использовать данные fasta в качестве аргумента в функции .C () R

Я делал программирование моего метода на c ++ как функция с именем «test.cc». Синтаксис моей программы:

./test input.fasta theta > output.txt

куда input.fasta это файл данных

>0 1000 0
100
>0 1000 1
100
>0 1000 2
101

Theta это числовой диапазон значений от 2 до 10.
Выход хранится в output.txt файл.

Для разработки пакета R; Сначала я выполнил это с помощью следующей команды.

R CMD SHLIB test.cc

что произвелоtest.dll» файл.
Я загружаю его в R с помощью следующей команды;

dyn.load("test.dll")

Я пытаюсь вызвать тестовую функцию, но она выдает ошибку при чтении данных;

.C("test", as.double(input.fasta), as.integer(theta))

У меня нет опыта использования этой команды; Проблема в том, как я читаю input.fasta в .C () и записываю вывод в файл.

Я был бы благодарен, если бы вы предоставили некоторую идею для решения этой проблемы.