Как интегрировать flex и bison с проектом Qt?

Я делаю программу с графическим интерфейсом, используя Qt4, под контролем исходного кода git (Страница Github). Небольшая часть проекта требует сканирования и анализа. Поэтому я хочу использовать flex и bison в проекте. Я могу придумать 3 способа

1. Чтобы файлы flex и bison не попали под контроль проекта и исходного кода. Создайте исходные файлы C и добавьте их в проект.
2. Добавьте файлы flex и bison в проект, но запускайте команды flex и bison отдельно.
3. Правильно интегрируйте с IDE (Qt Creator на Ubuntu 12.04) и системой контроля версий, чтобы при сборке вызывался лексер и парсер для сборки flex и bison.

Я, очевидно, хочу третий вариант, но понятия не имею, как это сделать.

Пожалуйста, предложите лучший вариант и способ сделать это. Или есть другой способ сделать это?

Примечание. Я хочу, чтобы проект был кроссплатформенным, в том числе и для Windows.