Извлечение объектов из cvFindContour

Я хотел бы сохранить каждый контур в некоторый объект

Хорошо, если вы делаете что-то вроде этого:

// detect edges using canny:
Mat edges;
Canny(myImg, edges, 100, 200, 3);

vector<vector<Point> > contours;
vector<Vec4i> hierarchy;
findContours(edges, contours, hierarchy, CV_RETR_TREE, CV_CHAIN_APPROX_NONE);

после findContours позвонить contours вектор уже держит ваши контуры.

Я действительно понятия не имею, что делать с этими контурами

Это совершенно другой вопрос, который очень специфичен для вашей конкретной области, конкретного подхода … Никто не может сказать вам, что именно вы должен но вы можете изучить некоторые существующие решения и узнать больше о текущем состоянии, чтобы узнать, что вы мог делать. Вы должны сделать это самостоятельно 🙂