Измените стандартную библиотеку C ++, используемую R Shiny в Mac OS X 10.9.1 с Xcode 5 (__cxa_guard_acquire обнаружил взаимоблокировку)

Вероятно, это длинный путь, но есть ли способ динамически изменить стандартную библиотеку C ++, используемую R Shiny в OS X, с libc++ в libstdc++ ?

Причина этого вопроса в том, что я хотел попробовать R Shiny но всякий раз, когда я пробую любой из примеров, мой R вылетает:

> require(shiny)
Loading required package: shiny
> runExample("01_hello")
libc++abi.dylib: __cxa_guard_acquire detected deadlock
Abort trap: 6

Работая с R Gui, я получаю больше информации (в деталях), и я заметил вызов RcppExports.cpp перед сбоем. У меня были проблемы с libc++ (Стандартная библиотека LLVM C ++ с C + 11) по сравнению с libstdc++ (Стандартная библиотека GNU C ++) до. Учитывая, что Rcpp требует библиотеку GNU, а библиотека LLVM используется по умолчанию в Xcode 5, я подозреваю, что это проблема. Есть ли способ изменить библиотеку C ++ по умолчанию, загружаемую в Mac OS X (10.9.1) R Shiny?

Process:         R [23120]
Path:            /Applications/R.app/Contents/MacOS/R
Identifier:      org.R-project.R
Version:         R 3.0.2 GUI 1.62 Snow Leopard build (6558)
Code Type:       X86-64 (Native)
Parent Process:  launchd [250]
Responsible:     R [23120]
User ID:         501
Date/Time:       2014-02-06 14:55:39.785 +0000
OS Version:      Mac OS X 10.9.1 (13B42)
Report Version:  11
Crashed Thread:  0  Dispatch queue: com.apple.main-thread

Exception Type:  EXC_CRASH (SIGABRT)
Exception Codes: 0x0000000000000000, 0x0000000000000000

Application Specific Information:
abort() called
__cxa_guard_acquire detected deadlock

Thread 0 Crashed:: Dispatch queue: com.apple.main-thread
0   libsystem_kernel.dylib          0x00007fff9a5e4866 __pthread_kill + 10
1   libsystem_pthread.dylib         0x00007fff8e92135c pthread_kill + 92
2   libsystem_c.dylib               0x00007fff980bebba abort + 125
3   libc++abi.dylib                 0x00007fff925a1141 abort_message + 257
4   libc++abi.dylib                 0x00007fff925c428e __cxa_guard_acquire + 192
5   httpuv.so                       0x000000010860500b Rcpp::RNGScope::RNGScope() + 33 (routines.h:74)
6   httpuv.so                       0x00000001086040d6 httpuv_makeTcpServer + 54 (RcppExports.cpp:32)
7   libR.dylib                      0x00000001001831ce do_dotcall + 1230 (dotcode.c:634)
8   libR.dylib                      0x00000001001ab2ad Rf_eval + 1181 (eval.c:642)
9   libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
10  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
11  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
12  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
13  libR.dylib                      0x00000001001b7717 do_set + 343 (eval.c:1902)
14  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
15  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
16  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
17  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
18  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
19  libR.dylib                      0x00000001001b4b03 forcePromise + 147 (eval.c:464)
20  libR.dylib                      0x00000001001b5624 getvar + 452 (eval.c:3525)
...
65  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
66  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
67  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
68  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
69  libR.dylib                      0x00000001001b7a70 do_begin + 384 (eval.c:1573)
70  libR.dylib                      0x00000001001ab11f Rf_eval + 783 (eval.c:614)
71  libR.dylib                      0x00000001001b535e Rf_applyClosure + 1422 (eval.c:1019)
72  libR.dylib                      0x00000001001ab34e Rf_eval + 1342 (eval.c:661)
73  libR.dylib                      0x00000001001d8b9a R_ReplDLLdo1 + 458 (main.c:363)
74  org.R-project.R                 0x000000010001f38e run_REngineRmainloop + 302
75  org.R-project.R                 0x000000010001379c -[REngine runREPL] + 124
76  org.R-project.R                 0x0000000100001b7e main + 910
77  org.R-project.R                 0x00000001000017e4 start + 52

Thread 1:
...

Thread 0 crashed with X86 Thread State (64-bit):
rax: 0x0000000000000000  rbx: 0x00007fff7d09a310  rcx: 0x00007fff5fbf84d8  rdx: 0x0000000000000000
rdi: 0x0000000000000707  rsi: 0x0000000000000006  rbp: 0x00007fff5fbf8500  rsp: 0x00007fff5fbf84d8
r8: 0x00007fff925c7635   r9: 0x00007fff980e6900  r10: 0x0000000008000000  r11: 0x0000000000000206
r12: 0x00007fff5fbf8660  r13: 0x0000000107d76548  r14: 0x0000000000000006  r15: 0x00007fff5fbf8540
rip: 0x00007fff9a5e4866  rfl: 0x0000000000000206  cr2: 0x0000000100333fd4

Logical CPU:     0
Error Code:      0x02000148
Trap Number:     133

1

Решение

Видя, как я столкнулся с точно такой же проблемой — комментарии от Хэдли и Джо работали для меня с MacOSX Mavericks (извиняюсь за кражу ответа, но у меня недостаточно репутации, чтобы добавить комментарий …)

  1. Установите последнюю версию XCode
  2. (Пере) установить Rcpp
  3. Перезапустить R
2

Другие решения

Других решений пока нет …

По вопросам рекламы [email protected]