Использование сторонних заголовочных файлов с Rcpp

У меня есть файл заголовка coolStuff.h которая содержит функцию awesomeSauce(arg1) что я хотел бы использовать в моем исходном файле cpp.

Структура каталогов:

• RworkingDirectory
  • sourceCpp
    • theCppFile.cpp
  • cppHeaders
    • coolStuff.h

Код:

#include <Rcpp.h>
#include <cppHeaders/coolStuff.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
double someFunctionCpp(double someInput){

double someOutput = awesomeSauce(someInput);

return someOutput;
}

Я получаю ошибку:

 theCppFile.cpp:2:31: error: cppHeaders/coolStuff.h: No such file or directory

Я переместил файл и каталог повсюду и не могу заставить его работать. Я вижу примеры повсеместного использования сторонних заголовков, которые говорят просто сделать это:

#include <boost/array.hpp>

(Это от Хэдли / devtools)

https://github.com/hadley/devtools/wiki/Rcpp

Так что же дает? Я искал все утро и не могу найти ответ на то, что мне кажется простым делом.

ОБНОВЛЕНИЕ 01.11.12

Хорошо, теперь, когда я понял, как создавать пакеты, которые используют Rcpp в Rstudio, позвольте мне перефразировать вопрос. У меня есть отдельный заголовочный файл coolStuff.h, который содержит функцию, которую я хочу использовать в своем коде cpp.

1) Где я должен поместить файл coolStuff.h в структуру каталогов пакета, чтобы содержащаяся в нем функция могла использоваться в CppFile.cpp?

2) Как мне вызвать coolStuff.h в файлах cpp? В очередной раз благодарим за помощь. Я многому научился из последнего разговора.

Примечание: я прочитал виньетку «Написание пакета, использующего Rcpp», и он не объясняет, как это сделать.

Ответ:

Хорошо, позвольте мне обобщить ответ на мой вопрос, так как он разбросан по всей этой странице. Если я ошибаюсь в деталях, не стесняйтесь редактировать это или дайте мне знать, и я отредактирую это:

Итак, вы нашли .h или же .cpp файл, который содержит функцию или какой-то другой бит кода, который вы хотите использовать в .cpp файл, который вы пишете для использования Rcpp,

Давайте продолжать называть этот найденный код coolStuff.h и вызвать функцию, которую вы хотите использовать awesomeSauce(), Позволяет вызвать файл, который вы пишете theCppFile.cpp,

(Здесь я должен отметить, что код в файлах .h и в файлах .cpp — это весь код C ++, и разница между ними заключается в том, чтобы программист C ++ организовывал вещи должным образом. Я оставлю обсуждение различий здесь , но простой поиск здесь на SO приведет вас к обсуждению разницы. Для вас, программиста R, которому нужно использовать немного кода, который вы нашли, нет никакой реальной разницы.)

КОРОЧЕ: Вы можете использовать файл как coolStuff.h при условии, что он не вызывает никаких других библиотек, либо вырезать и вставить в theCppFile.cppили, если вы создаете пакет, вы можете поместить файл в \src каталог с theCppFile.cpp файл и использование #include "coolStuff.h" в верхней части файла, который вы пишете. Последний является более гибким и позволяет использовать функции в coolStuff.h в других .cpp файлы.

ПОДРОБНОСТИ:

1) coolStuff.h не должны вызывать другие библиотеки. Таким образом, это означает, что в верхней части не может быть никаких операторов включения. Если это произойдет, то, что я подробно опишу ниже, вероятно, не будет работать, и использование найденного кода, который вызывает другие библиотеки, выходит за рамки этого ответа.

2) Если вы хотите скомпилировать файл с sourceCpp() вам нужно вырезать и вставлять coolStuff.h в theCppFile.cpp, Мне говорят, что есть исключения, но sourceCpp() предназначен для компиляции одного .cpp файл, так что это лучший путь.

(ПРИМЕЧАНИЕ. Я не даю никаких гарантий, что простое вырезание и вставка будут работать из коробки. Возможно, вам придется переименовать переменные или, скорее, переключить используемые типы данных, чтобы они соответствовали тем, которые вы используете в theCppFile.cpp, Но до сих пор, вырезать и вставить работал с минимальной суетой для меня с 6 различными простыми .h файлы)

3) Если вам нужно только использовать код из coolStuff.h в theCppFile.cpp и больше нигде, тогда вы должны вырезать и вставить его в theCppFile.cpp,

(Опять же, я не даю никаких гарантий, см. Примечание выше о вырезке и вставке)

4) Если вы хотите использовать код, содержащийся в coolStuff.h в theCppFile.cpp И другие .cpp файлы, вы должны посмотреть на создание пакета. Это не сложно, но может быть немного сложно, потому что информация о сборке пакетов с помощью Rcpp варьируется от исчерпывающей исчерпывающей документации, которую вы хотите получить с любым пакетом R (но это выше вашего понимания как новичок), и новичка, чувствительного к этому. введения (которые могут опустить детали вы случиться нужно).

Вот что я предлагаю:

А) Сначала получите версию theCppFile.cpp с кодом из coolStuff.h вырезать и вставлять в theCppFile.cpp который компилируется с sourceCpp() и работает так, как вы ожидаете. Это не обязательно, но если вы новичок в пакетах Rcpp OR, неплохо убедиться, что ваш код работает в этой простой ситуации, прежде чем переходить к более сложному случаю ниже.

B) Теперь создайте свой пакет, используя Rcpp.package.skeleton() или используйте функциональность Build в RStudio (НАСТОЯТЕЛЬНО рекомендуется). Вы можете найти подробную информацию об использовании Rcpp.package.skeleton() в Hadley / DevTools или же Rcpp атрибуты виньетка. Полная документация для написания пакетов с Rcpp находится в Написание пакета, который использует Rcpp, однако этот предполагает, что вы достаточно хорошо разбираетесь в C ++, и не использует новый способ «Атрибутов» для выполнения Rcpp.

Не забудьте «построить» & Обновить «, если используется RStudio или compileAttributes() если вы не в RStudio.

C) Теперь вы должны увидеть в вашем каталоге \ R файл с именем RcppExports.R, Откройте это и проверьте это. В RcppExports.R Вы должны увидеть функции оболочки R для всех файлов .cpp, которые есть в вашем \src каталог. Довольно мило.

D) Попробуйте функцию R, которая соответствует функции, которую вы написали в theCppFile.cpp, Это работает? Если так, то иди дальше.

E) С вашим пакетом вы можете двигаться coolStuff.h в src папка с theCppFile.cpp,

F) Теперь вы можете удалить код вырезания и вставки из theCppFile.cpp и на вершине theCppFile.cpp (и любой другой файл .cpp, в котором вы хотите использовать код из coolStuff.h) #include "coolStuff.h" сразу после #include <Rcpp.h>, Обратите внимание, что вокруг ranker.h нет скобок, скорее есть «». Это соглашение C ++ при включении локальных файлов, предоставляемых пользователем, а не файла библиотеки, такого как Rcpp или STL и т. Д.

G) Теперь вам нужно пересобрать пакет. В RStudio это просто «Build & Перезагрузить »в меню Build. Если вы не используете RStudio, вы должны запустить compileAttributes()

H) Теперь попробуйте снова функцию R, как вы делали на шаге D), надеюсь, она сработает.

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-I/usr/include")
Sys.setenv("PKG_LIBS"="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/ -lm -lmpc -lgmp -lmpfr")

pkg-config --cflags --libs mylib

sourceCpp("mysource.cpp", verbose=TRUE, rebuild=TRUE)

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-I \path-to-boost\")

#include "../cppHeaders/coolStuff.h"

⋊> ~ cat ~/.R/Makevars
CC=/usr/local/bin/gcc-7
CXX=/usr/local/bin/g++-7
CPLUS_INCLUDE_PATH=/opt/local/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH
PKG_CXXFLAGS=-I/Users/kuroyanagi/.pyenv/versions/miniconda3-4.3.30/include
LD_LIBRARY_PATH=/opt/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
CXXFLAGS= -g0 -O3 -Wall
MAKE=make -j4